Boyut dışlama kromatogrofisinde moleküllerin büyüklüklerine göre ayrımını sağlar. Molekülün şekli ve hidratize formda bulunması işlemin sonuçlarını etkilemektedir. Sabit faz olarak çok çeşitli materyaller kullanılabilmektedir. Bu materyallerin tanecikleri gözeneklidir ve küçük moleküller gözeneklerde geçici olarak yakalanır. Gözeneklere giremeyecek kadar büyük olan moleküller ise tutulmadan mobil faz ile beraber kolonu terk eder.