Salmonellanın antijenik yapıları identifikasyonlarında gerekli olduğu için oldukça iyi incelenmiştir. Bu antijenik yapıları Somatik O antijeni, flagellar H antijeni, yüzeysel antijenler, enterotoksin ve sitotoksinlerdir. Somatik O antijeni, tüm salmonellalarda bulunan polisakkarit özelliğinde olan bir antijendir. Salmonellaların serogruplara ayrılmasına yarayan bu antijen, değişik faktörler içermektedir. Bu faktörler sayılarla (1, 2, 3, ...) ifade edilir ve ortak antijenik faktörleri barındıran salmonellalar aynı grup altında toplanır. S. Pullorum ve S. Gallinarum haricindeki salmonellalarda bulunan ve hareketi sağlayan flagellaya ait flagellar H antijenidir. Flagellar H antijeni, protein tabiatında, ısıya duyarlı bir antijenik yapıdır. H antijeni, yapısında bulunan faktörlere göre 2 alt gruba ayrılmaktadır. Bunlar spesifik özellikte olan Faz-1 faktörleri ile nonspesifik özellikte olan Faz-2 faktörleridir. Faz-1 faktörleri, salmonellanın bir türünde veya birbirine yakın birkaç türünde ortak olarak bulunurken, Faz-2 faktörleri birçok Salmonella türünde bulunmaktadır. Faz-1 faktörleri küçük harflerle (a, b, c, ..., z, z1, z2,...), Faz-2 faktörleri ise rakamlarla (1, 2, 3, ...) ifade edilir. Salmonellalar antijenik formüllerine göre tanımlanırken, öncelikle O-somatik antijeni, varsa yüzeysel antijeni sonra da hareketli ise flagellar H antijenleri (Faz-1 ve Faz-2) yazılır. Örneğin; S.Gallinarum 1,9,12:-:-, S.Typhimurium 1, 4, (5), 12:i:1, 2, S.Typhi 9,12,(Vi):d:-, S.Enteritidis 1,9,12:g,m:(1,7). Salmonella suşları, lipopolisakkarit (O antijeni) ve flagellar H antijen çeşitliliği baz alınarak oluşturulmuş olan Kauffman-White şeması kullanılarak serovarlara ayrılırlar