Stafilokok türlerinde antijenik yapı oldukça komplekstir ve farklılıklar gösterir. Stafilokokların hücre duvarında, pepdidoglikan, teikoik asit ve protein A
(bazı suşlarda) olmak üzere üç önemli antijenik yapı bulunur. Bu yapıların önemli özelliklerinden biri, stafilokoklar ile mikrokoklarının taksonomik ayrılması için yarar sağlamasıdır. Teikoik asitin yapısı, Stafilokok türleri için özel yapılar içerebilir (Örneğin, teikoik asitin alkol kısmı S.aureus suşlarında ribitol, S.epidermidis ve S.intermedius suşlarında gliserol). S.aureus suşlarının hücre duvarında bulunan önemli protein yapılar vardır. Bunlar “clumping faktör” (bağlı koagülaz) ve antifagositik özellik taşıyan protein A’dır. Protein A, pepdidoglikan tabakasına bağlanabilir veya ortama kısmen salınabilir. Bazı S.aureus suşlarının polisakkarid yapıda bir kapsülü bulunur ve bakteriye antifagositik bir özellik kazandırır.