Somatik O antijeni, lipopolisakkarit özellikte olan yüzey antijenidir. E.coli’lerin serotiplendirilmesinde önem taşırlar. Flagellar H antijeni, sadece hareketli suşlarda bulunur ve E.coli’lerin serotiplendirilmelerinde önemli bir yeri vardır. Polisakkarit yapıda (N-asetil nöraminik asit) olan kapsüler K antijeni, O somatik antijeninin üstünde bulunur. K antijenine göre 100’e yakın serogrup tespit edilmiştir. Enterotoksinler, genelde genç hayvanların bağırsak infeksiyonlarından sorumlu E.coli’ler tarafından sentezlenmektedir. Enterotoksin üreten E.coli’ler ETEC (Enterotoksijenik E.coli), üretmeyenler ise NETEC (Nonenterotoksijenik E.coli) olarak adlandırılmaktadır. Nörotoksinler ise, lipoprotein yapıda olup domuzların ödem hastalığının patojenezinde önem arz etmektedir. Tüm Gram negatif bakterilerin hücre duvar yapısında bulunan endotoksinler ise, septisemi olgularında şok belirtilerine ve ateşe sebep olmaktadır. E.coli’lerin bazı suşları tarafından sentezlenen sitotoksik nekrozan faktör (CNF), protein yapısında olup epitelyum hücre membranlarında bazı değişikliklere sebep olur.