E.coli’nin antijenik yapısı oldukça komplike olup, özellikle patojen suşlarda bu yapılar önem taşımaktadır. Önemli antijenik yapılar ve özellikler arasında başlıca; somatik O antijeni, flagella antijeni (H),kapsüler antijen (K), enterotoksinler, nörotoksinler, endotoksinler, sitotoksik nekrozan faktör (CNF) bulunmaktadır.