Enterokoklar çok uzun yıllardan beri tanımlanan bakterilerdir ve 1980'li yıllara kadar Streptococcus cinsi içinde değerlendirilmifltir. Streptokok cinsi içinde enterokoklar, fekal streptokoklar grubunda incelenmişler ve Lancefield gruplandırmasında çoğu tür D grubunda yer almışlardır. Bakteri sistematiğinde moleküler tekniklerin kullanılmasını takiben enterokoklar, Enterococcus cinsinde değerlendirilmişler ve tür isimleri korunarak isimlendirilmişlerdir.