Bakteroideslerin cins düzeyinde identifikasyonunda hücre yapısı, flagellanın yerleşimi (hareketli türler için) ve oluşturdukları metabolik ürünler dikkate alınır. Ayrıca bakteroides cinsi içindeki türler pigment oluşumu, antibiyotiklere duyarlılık ve safraya direnç özelliklerine göre de gruplandırılırlar.