Klamidyalar amipleri, omurgasızları, balıkları, kemirgenleri ve memelileri içeren çok çeşitli konakta bulunmaktadır. Kanatlı türleri de dahil, birçok hayvanın sindirim kanalı ve solunum yollarındaki mukoz membranları infekte ederler.Klamidyalar toprak ve dışkıda uzun süre canlı kalabilirler. İnsan ve hayvanlar infeksiyöz toz ve damlacıkları solumak suretiyle infekte olurlar. Klamdiya türleri genellikle konaklara spesifik infeksiyonlara neden olurlar.