Bakteroideslerin cins düzeyinde identifikasyonunda hücre yapısı, flagellanın yerleşimi ve oluşturdukları metabolik ürünler dikkate alınır. Ayrıca bakteroides cinsi içindeki türler pigment oluşumu, antibiyotiklere duyarlılık ve safraya direnç özelliklerine göre de gruplandırılırlar. Karbonhidratların fermentasyonu ise Neisseria türlerinin identifikasyonunda kullanılan bir özelliktir.