Klostridiumlar anaerob bakterilerdir ve bu nedenle örneklerin alınmasında, laboratuarlara gönderilmesinde aşağıda bildirilen temel kurallar dikkate alınmalıdır. Örnekler mutlaka yeni ölmüş veya canlı hayvanlardan alınmalıdır. Aksi halinde, barsaklarda normal florada bulunan klostridiumlar ölüm sonrasında hızla dokulara yayılır ve laboratuar sonuçlarının yorumlanmasında sorun yaratır. Örneklerin alınmasında çok dikkatli olunmalı, özellikle barsak içeriği ile kontaminasyondan kaçınılmalıdır. Sıvı örnekler enjektör yardımı ile alınmalıdır, bu klostridiumları oksijenin toksik etkisinden korur. Svap ile örnekleme tercih edilmemelidir, çünkü bu şekilde anaerob bakteriler oksijene ve kurumaya maruz kalabilir. Hayvanlardan inceleme amacı ile alınan doku veya sıvı örnekleri anaerobik transport besiyerleri ile teşhis laboartuarlarına mümkün olan en kısa süre içinde gönderilmelidir.