Enterokokların izolasyon amacıyla temel olarak klinik tablolardan ve sindirim sisteminden materyaller incelenmektedir. Bu amaçla eklem sıvısı, süt ve bağırsak içeriği izolasyon amacıyla kullanılmaktadır. Alınan materyaller soğuk zincirde kısa süre içinde laboratuvara ulaştırılmalıdır. Transport amacıyla bazı spesifik ortamlardan yararlanılmaktadır.