Viroloji laboratuvarları iyi bir izolasyon özelliğine sahip olmalıdır. Laboratuvar ortamının izolasyonundaki temel uygulamalar çalışma mekanlarının sınırlandırılması ve hava akımının kontrolüyle başlar. Viroloji çalışmalarında yararlanılan en önemli araçlardan birisi hücre kültürleridir. Özellikle mikrobiyel kontaminasyonlardan arındırılmış olarak çalışılması gereken hücre kültürleri, özen gerektiren bir çalışmaya ve çalışma ortamına ihtiyaç duymaktadır. Viroloji laboratuvarında hücre kültürü çalışmalarının yürütülebilmesi için gerekli şartları sağlayan biyogüvenlik kabinleri (laminar air flow kabin) kullanılmaktadır. Viroloji laboratuvar çalışmalarında materyalin dış ortamdan kaynaklanabilecek kontaminasyonunu engelleyen aseptik teknik ön planda tutulur. Bununla birlikte çalışılan ortam ve çalışan personelin muhtemel risklerden korunması da temel prensipler arasındadır. Viral hastalıklar insanları etkilemeleri ve oluşturdukları potansiyel sağlık riskleri esas alınarak dört biyolojik güvenlik derecesine ayrılmıştır (biosafety level, BSL 1-4). Paralel olarak bu virusların çalışılabileceği laboratuvarlar da dört güvenlik derecesine ayrılmış (BSL 1-4) ve her bir seviye için gerekli temel şartlar belirlenmiştir. Bu sayede özellikle epidemik&pandemik karaktere sahip olan veya geniş çapta halk sağlığı tehdidi yaratabilecek hastalık etkenlerinin güvenli bir şekilde çalışılabilmesi mümkün olmaktadır. Rutin viroloji laboratuvarları BSL-1 ve BSL-2 düzeyinde yer alır. BSL-1 sınıfı laboratuvarlarda çoğunlukla açık masalarda ve özel bir güvenlik tedbiri gerektirmeyen standart yöntemlerle çalışılır. BSL-2 sınıfı laboratuvarlarda insanlar için risk oluşturabilen etkenler de çalışılabilmektedir. Bu sebeple gerektiğinde kullanılabilecek biyogüvenlik tedbirleri (özel laboratuvar giysileri, atık yönetim sistemi vb) ve tip-2 biyogüvenlik kabinleri bulunur. BSL-3 ve BSL-4 sınıfı laboratuvarlar ise çok tehlikeli, ölümcül seyirli salgınlara yol açabilecek ve egzotik karakterdeki enfeksiyöz etkenlerin (biyolojik silahlanmada kullanılan ajanlar vb) çalışılabilmesine uygun olarak tasarlanmıştır. Bu laboratuvarlarda görevli olan personel pozitif basınçlı giysilerle çalışır. Laboratuvar ortamına ise negatif basınç uygulanmaktadır. Böylece dış çevrenin kontaminasyonu engellenmiş olur. Bu laboratuvarlarda çalışma öncesi ve sonrasında tüm giysiler değiştirilir ve duş alınır. Laboratuvar giysileri, tüm ekipman ve atıklar dekontamine edilir.