Indesign programı, öncelikli olarak kendi dosya uzantısı olan .INDD uzantısını desteklemekle beraber, ayrıca şablon formatı olan .INDT ve önceki sürümlerine yönelik olarak .IDML uzantılarını da desteklemektedir. Ayrıca Indesign programı sayesinde, .SWF ve .EPUB gibi uzantılara sahip sayısal yayınlar da dışa aktarılabilmektedir.