Alt siteleri organize etmek için olası pek çok yol vardır. Bazı örnekler şu şekildedir:

• Ekibe veya bölüme göre

• İçerik kategorisine göre

• Projeye göre

• Müşteriye göre

• İzin düzeyine veya duyarlılığa göre (Örneğin, sınırlanması gereken bilgiler varsa, bunların belirli bir siteyle sınırlanması istenebilir.) Siteler oluşturulmaya başlanmadan önce, kaç tane sitenin istenebileceği ve bunların nasıl organize  edilmesi istenildiğinin düşünülmesi için zaman ayırılmalıdır. Planlamayı düzenlemeye yardımcı olması için site hiyerarşisinde bir şema oluşturmak yararlı olabilir.