Kanunî devrinde el üstünde tutulan Bakî’nin hayatı daha sonraki üç hükümdar, yani
II. Selim, III. Murat ve III. Mehmet devirlerinde inişli çıkışlı bir seyir izledi. II. Selim’e tahta
çıkışını tebrik maksadıyla bir cülusiye takdim eden şair, umduğu caizeyi alamadığı
gibi sebepsiz yere Murat Paşa Medresesi müderrisliğinden
de azledildi (görevinden alındı).
Üç yıllık bir azil devresinden sonra 1569’da Mahmut Paşa, 1571’de de Eyüp müderrisliğine
atandı. Araya bazı aracılar koyan şair, önce sadrazam Sokullu Mehmet Paşa’nın
sonra da onun sayesinde padişahın hususi meclisine girmeye başladı.