Uyuşmazlık Mahkemesi başkanı ise, Anayasa Mahkemesince kendi üyeleri arasından seçilir (Anyasa m. 158/II; 2247 s. K. m. 2/V; m. 4). Anayasa Mahkemesi, başkanlığın boş veya başkanın özürlü veya izinli olması hâllerinde başkana ait görev ve yetkileri kullanması ve yerine getirmesi için, yine kendi asıl ve yedek üyeleri arasından bir başkan vekili seçer (2247 s. K. m. 3/II).