Uyuşmazlık Mahkemesinin görevi, adli ve idari yargı mercileri arasındaki görev (yargı yolu/yargı kolu) uyuşmazlıklarını ve hüküm uyuşmazlıklarını inceleyerek, kesin bir biçimde çözüme kavuşturmaktır (Anayasa m. 158). Buna göre, Uyuşmazlık Mahkemesinde, hukuk mahkemeleri ile idare mahkemeleri (veya Danıştay, vergi mahkemeleri) arasındaki görev ve hüküm uyuşmazlıkları çözümlenir.