Tarih boyunca Japonya’ya giren dinlerin de etkisi ile Şintoizm’de çeşitli mezhepler ortaya çıkmıştır. Örneğin, Budizm’in etkisi ile 12. yy.’da Tendai Şinto ve 16. yy.’da Tantrik Şinto (Şingon) mezhepleri ve 17.yy.’da, Konfüçyanizm’in etkisi ile Sugia Şinto mezhebi oluşmuştur. Koshito, günümüzde Meiji yasalarıyla belirlenen uygulamalardan biri olup diğer adı İmparatorluk Şintosu’dur. Teslis inancını ve Cizvitlerin teolojik görüşlerini kabul eden mezhep Fokko mezhebidir.