Papa III. Innocent (1198-1216) tarafından Katoliklik dışı inançlara karşı çıkmakla suçlanan kimseler hakkında cezai takibatlar başlatıldı. Arkasından Papa IX. Gregorius zamanında (1227-1241) Katolik Kilisesi tarafından Engizisyon Mahkemesi kuruldu. Engizisyon önce Fransa’da başlamış, daha sonra İtalya, Almanya, Bohemya, Macaristan, Slav ve İskandinav ülkelerine kadar yayılmış, tüm Katolik ülkeleri etkisi altına almıştır. Portekiz 1532’ye kadar bu sisteme dâhil olmazken Engizisyon 1481’de İspanya’daki Katolik kilisesinin karakterine ve dini ve sosyal problemlere göre şekillenmiştir.