Yuhanna İncili’nde konuların, hikâyelerin seçim ve sıralamasında, coğrafî ve kronolojik bilgilerde, hatta dinî bakış açısından da diğer İncillere göre farklılıklar arzetmektedir. Örneğin, Hıristiyanlığın en önemli ayinlerinden biri olan komünyon (evharistiya) bu İncil’de yer almaz. Buna mukabil öteki üç İncil’de bulunmayıp yalnız Yuhanna İncili’ne mahsus hikayelar de mevcuttur. Mesela, dirilmiş İsa’nın Taberiye gölü kıyısında şakirtlerine görünmesi (Yuhanna 21: 1-14) bunlardandır. Yuhanna İncili ile diğer üç İncil arasındaki önemli farklardan biri de Hz. İsa’nın risaletinin süresidir. Üç İncil bu sürenin bir yıl olduğunu söylerken, Yuhanna’ya göre iki seneden fazladır.