Sasanilerin yıkılması ve İran’ın İslâm egemenliğine girmesiyle birlikte Mecusilik hızla gerileme sürecine girmiştir. Müslüman yöneticiler Mecusilere Zımmi muamelesi yapmıştır. “Onlara Ehli Kitab gibi muamele yapın” diyen Hz. Muhammed’in bizzat kendisi Yemen ve Hecer Mecusilerine bu muameleyi yapmıştır. Hz. Muhammed, onların kadınlarıyla evlenmemek ve kestiklerini yememek kaydıyla cizyeye bağlanmasına izin vermiştir. Emeviler ve Abbasiler döneminde zaman zaman Mecusilere karşı takibatlar yapılmış, ateşgedeler yıkılmış ya da mescide dönüştürülmüştür. Nitekim Mecusilerin bazıları İran dışına, özellikle Hindistan’a göç etmek durumunda kalmışlardır.