II. Mahmut Dönemi’nde cereyan eden önemli bir olay da Kavalalı Mehmet Ali Paşa (1769-1849)’nın isyan sürecidir. 1822 Girit İsyanı’nı bastırmak için Şam valiliği gibi bazı vaatlerle donanma desteği aldığı Kavalalı, Osmanlı’yı uzun süre meşgul etmiştir. Ayanlardan daha da öte bir konumda, resmen Osmanlı’ya bağlı ama fiilen bağımsız olan Kavalalı’nın Suriye üzerindeki tasarrufu, savaşın kaybedilmesinden sonra gerçekleşmez. 1825’teki Mora İsyanı sırasında da Osmanlı, Kavalalı’dan yardım ister. Kavalalı da Girit ve Mora valiliğinin verilmesi karşılığında desteğe razı olur. 1829 Edirne Antlaşması’nda Yunanistan’ın bağımsızlığını kazanmasına kadar giden sürecin sonunda doğal olarak Kavalalı’nın talep ettiği yerlerin denetimi de Yunanistan’a kalır. Bu da zaten ip üzerindeki Osmanlı-Mısır ilişkilerini daha gergin bir hâle getirir. Hukuken bir Osmanlı valisi olan Kavalalı, artık Osmanlı’yı uzun süre meşgul edecek bir düşman hâline gelir ve Osmanlı-Mısır Savaşı patlak verir.