Başkanlık, başkan ve başkanlık hizmetlerini yürüten diğer personelden oluşur. Başkan DSİ’nin teklifi üzerine Bakan tarafından kamu personeli arasından dört yıla adar görevlendirilir. Süresi sona eren Başkanın yeniden görevlendirilmesi mümkündür. Başkanın görev ve yetkileri şunlardır:
• Kanun, birlik ana statüsü ve ilgili mevzuatta verilen görevleri yapmak, yetkileri kullanmak ve birliği temsil etmek ve yönetmek.
• Birlik adına yapılacak sözleşme esaslarını tespit etmek, satın alma, işletme, bakım ve onarım hizmetleri ve yeni tesis ve iyileştirme ya da yenileme çalışmaları ile diğer işlerin bir komisyon marifetiyle ihaleyle üçüncü kişilere yaptırılmasına ve DSİ’nin onayıyla borç kullanımına karar vermek.
• Birliğin yıllık su kullanım hizmet bedelini asgari  kullanım hizmet bedeli tarifesinden az olmamak üzere belirlemek ve onay için DSİ Bölge Müdürüne sunmak.
• Bütçe teklifini ve çalışma programını DSİ’ye sunmak, bütçeyi uygulamak ve kesin hesabını yapmak.
• Birlik bütçesinin tahsilat ve ödemeleri ile harcama kalemleri arasında aktarma yapmak.
• Katılım paylarını, su kullanım hizmet bedeli ve para cezalarını tahsil etmek, birliğin alacaklarının takibini zamanında yapmak.
• DSİ’nin onayını aldıktan sonra araç, gereç ve iş makinesi temin etmek.
• Mevzuata aykırı olarak sulama yapan birlik üyelerine, birlik görev alanı dışında kalan su kullanıcılarına, her dekar arazi başına su hizmet bedelinin Kanunda belirtilen su kullanım hizmet bedelinin iki katına kadar, bazı fiillerin tekrarı halinde her defasında ayrı ayrı olmak üzere su kullanım hizmet bedelinin dört katına kadar idari para cezası vermek.