Örgüt şemalarının hazırlanması, belli kurallara uyulmasını gerekli kılan bir süreçtir. Örgüt şeması hazırlanırken uyulması gereken temel kurallar şu şekilde sıralanabilir:

• Örgüt şemaları olabildiğince açık ve basit bir şekilde hazırlanmalıdır.
• Örgüt şemaları kendi içinde simetrik ve dengeli olmalıdır.
• Her örgüt şemasının bir başlığı olmalı ve ayrıca şemanın hazırlandığı tarih de belirtilmelidir.
• Benzer düzeyde yetki sahibi olan birimler şema üzerinde aynı hizada gösterilmelidir.
• Örgüt şemalarında yer alan birimlerin sahip oldukları yetki türü (kurmay veya komuta) açıkça belli edilmelidir.
• Örgüt şemalarında yer alan birimleri gösteren dikdörtgenler birbirlerine aralarındaki ilişkinin türüne uygun bir şekilde bağlanmalıdır.
• Örgüt şemalarında üst seviyelerdeki birimlere ait gösterimler alt seviyelerdekine göre daha büyük çizilmelidir.
• Örgütün bir bölümüne ait detaylandırılmış özel şemaların bağlı oldukları alt seviye ve üst seviyeyi de gösterecek şekilde düzenlenmesi gerekmektedir.
• Her ne kadar örgüt şemaları mevcut durumu göstermek amacıyla çizilse de gelişme aşamasında olan veya kurulması planlanan birimlerin de uygun bir şekilde şemaya dâhil edilebileceği göz ardı edilmemelidir.