Matriks yapı içinde görev yapan bireyler, ikili bir yetki mekanizmasının etkisi altındadırlar. Bu bireyler, eş zamanlı olarak hem bağlı oldukları fonksiyonel bölüm yöneticisine hem de görev aldıkları projenin yöneticisine karşı sorumludurlar. İkili bir emir-komuta ilişkisinin varlığı matriks örgüt yapısının en önemli olumsuz yönüdür.