Sultan Melikşah’ın 20 yıllık iktidar süresince pek çok isyan anlaşmazlık, çatışma savaş yaşanmıştır, ancak haçlılarla hiç karşı karşıya gelinmemiştir.

Alp Arslan, Toharistan meliki olarak babasının hizmetinde bulunduğu sırada, Karahanlı ve Gazneliler’e karşı kazanılan başarılarda, İbrahim Yinal isyanında büyük hizmetlerde bulunmuştu. Çağrı Bey de, daha sağlığında liyakâti dolayısıyla idareyi fiilî olarak ona bırakmıştı.

Alp Arslan 23 Ocak 1064’te başkent Rey’e girerek tahta oturmuştur.

Artan nüfusları yüzünden yaşadıkları yerlerin yetmediğini Sultan Mesud'a bildiren Selçuklular,  Merv, Serahs ve Baverd şehirlerinin de kendilerine verilmesi karşılığında askerî hizmet teklif ediyorlardı (Kasım 1036). Gazne sultanı yağmalarıyla Horasan’ı kalbura çeviren Selçuklular’ın tekliflerinde samimi olmadıkları düşüncesiyle üzerlerine yeni bir ordu göndermeye karar verdi. Veziri ile Hâcib Sübaşı’yı Selçuklular’ı Horasan’dan atmakla görevlendirdi. Selçuklular bu tedbirler karşısında işgâl ettikleri yerlerden Nesâ ve Ferave’ye çekildiler. Sultan Mesud durumdan haberdar olunca, meselenin çözüldüğünü düşünerek Hindistan’a sefere çıktı (Ekim 1037). Selçuklular ise kışın bastırması üzerine Horasan’daki Gazne ordusuna küçük saldırılar düzenleyerek yeniden karışıklıklar çıkardılar. Durumdan haberdar olan Sultan, Hindistan’dan Hansi kalesini fethederek başarıyla dönmüş olmasına rağmen, zaferinin tadını çıkaramadı. Sübaşıya derhal saldırı emrini verdi. Selçuklular sayıca çok ve donanımı bakımından da ağır olan Gazne ordusunu, küçük hafif süvari birlikleri ile vurup kaçarak hırpalıyorlardı. Ancak buna rağmen Gazne ordusundan korktukları için ağırlıklarını Merv çölüne göndererek, yenilgi hâlinde çaresiz Rey’e çekilmeyi düşünüyorlardı. Fakat Gazne ordusuna karşı Serahs’ta girdikleri ve bir gün boyunca süren savaşı ezici bir üstünlükle kazandılar (Mayıs 1038). Horasan’ın merkezi olan Nişabur ise zaferden 12 gün sonra, İbrahim Yinal tarafından Tuğrul Bey adına teslim alındı. Şehir ahalisi doğal olarak Selçuklular’a direnmedi. İbrahim Yinal Cuma günü hutbeyi “es-Sultanü’l-Muazzam” unvanıyla Tuğrul Bey adına okuttu. Daha sonra 3.000 kişilik seçme bir kuvvetle şehre gelen Tuğrul Bey burada Sultan Mesud’un sarayında tahta oturarak “sultan” ilân edildi.

1064 Şubat’ında Rey’den çıkıp Azerbaycan’a ulaşan Selçuklu ordusu, Tuğtegin adlı bir beyin kalabalık bir Türkmen topluluğu ile hizmetine girmesiyle daha da güçlendi.

Tuğrul Bey nihayet Anadolu seferinden sonra (1054), Halife’ye bir elçi göndererek; 1. Hacca gitmek, 2. Peygambere hizmetle şereflenmek, 3. Hac yollarını eşkıyalardan temizlemek, 4. Suriye ve Mısır kaçkınları (Fatimîler) ile savaşmak üzere Bağdat’a geleceğini bildirdi. Tuğrul Bey’in Bağdat Seferine çıkmadan önce Musa Yabgu ile ilgili bir sorunu bulunmamaktaydı.

Sultan bölgenin güvenliğinin sağlanmasına yönelik bazı görevlendirmeler de yaptı. Kardeşi Tekiş’i Toharistan’a, Böribars’ı Herat’a, Toganşâh’ı Hemedan’a, amcası Osman’ı Velvalic (Kunduz)’e tayin etti.

Ocak 1104’de varılan antlaşmaya göre Sultan Berkyaruk, Muhammed Tapar’ın beş nevbet çaldırmasına müdahale etmeyecek, Muhammed Tapar’ın payına düşen şehirlerde Berkyaruk adına hutbe okunmayacak, aralarındaki yazışma vezirler vasıtasıyla yapılacak, askerler diledikleri tarafa geçebileceklerdi. Cibal, Fars, İsfahan, Rey, Hemedan, Hu^zistan ve Bağdat Berkyaruk’un; Azerbaycan, Diyarbekir, el-Cezi^re. Musul, Suriye ve Hille emiri Seyfüddevle Sadaka’nın idaresindeki topraklar Tapar’ın ha^kimiyetine bırakılacaktı. Ayrıca Berkyaruk’tan sonra Tapar sultan olacak, Horasan meliki Sancar’ın durumunda herhangi bir değişiklik yapılmayacak; Sancar, Muhammed Tapar’ı metbu^ tanımaya devam edecekti. Bu antlaşma sayesinde Sultan Melikşah’ın ölümüyle başlayan taht kavgaları sona ermiş oluyordu.

Tuğrul Bey’in gelişinden önce Bağdad’da adına hutbe okunsa da şiî ahaliyi ve Besâsirî’nin askerlerini, onun iyi niyeti konusunda ikna etmek mümkün olmadı. Nahrevan’da Halifenin veziri tarafından karşılanan Tuğrul Bey, 19 Aralık 1055 tarihinde Bağdad’a geldi. Halifenin tavsiyesine uyan Büveyhî emiri Melikü’r-Rahim de itaâtini bildirdi ve askerlerini Bağdad dışına çekerek sultanın güvenini kazanmaya çalıştı.

Eski Türklerde ordu komutanına Sübaşı denirdi ve önemli devlet görevlilerindendi.

Zaferden sonra Selçuklular bir yandan Gazne ordusunu kararlı bir takibe uğratırken, hemen bir kurultay topladılar ve devlet ilân ettiler. Ancak asıl büyük kurultayı bir ay içerisinde Merv’de yaptılar. Tuğrul Bey bir kere daha sultan ilan edildi. Nişabur başkent olmak üzere batıya gidecekti. Özellikle Selçuklu aile mensupları, bu büyük emeğin, fedakârlığın hebâ olmaması için birlik hâlinde kalmaya and içtiler. Sonra ülke topraklarının yönetimini paylaştılar. Çağrı Bey’e melik unvanıyla Merv merkez olmak üzere Horasan’ın doğusu; Musa Yabgu’ya ise Herât’tan itibaren Afganistan yönünde zapt edeceği yerler verildi. Hanedanın ileri gelenlerinden bir kısmına da, bu üç liderden birisine bağlı olmak kaydıyla bazı yerler verildi. Çağrı Bey’in oğlu Kavurt Kirman’a tayin edilirken; diğer oğlu Alp Sungur Yakutî, İbrahim Yinal ile Kutalmış doğrudan Tuğrul Bey’in hizmetine verildiler.

Damgân civarında Milh vadisinde iki Selçuklu şehzâdesinin orduları karşı karşıya geldi. Kutalmış’ın Alp Arslan’ın ordusunun hareketini zorlaştırmak için bölgeyi bataklığa çevirmesi işe yaramadı. Bugünün kendisi için uğursuz olduğuna inanan Kutalmış’ın savaşı geciktirmesi de mümkün olamadı. Sonunda iki ordu arasında vukû bulan meydan savaşında Kutalmış yenildi ve hayatını kaybetti.

Tutuş, Melikşah’ın kardeşidir.

Büyük bir ordu ile Kartli bölgesine girip bazı kaleleri fetheden Sultan Melikşah, Kafkasya seferinde Alp Arslan’a da mihmandarlık etmiş olan Emir Savtegin’i 1076’da genel vali olarak atamıştır.

Hükümdarın merkezde bulunmadığı zamanlarda onun tüm yetkilerine sahip, vezire denk veya üst rütbeli, hükümdarla beraber devleti vezir yerine usulüne uygunca yönetebilecek kişiye naib denir.