Ceza yargısında suç teşkil eden fiillerin engellenmesi, bastırılması ve yaptırıma tabi tutulması amaçlanırken hukuk yargısında, özel hukuka dair hakların tespiti ve gerçekleştirilmesi amaç edinilir. Bu nedenle ceza yargısında kamu menfaati, hukuk yargısında ise kişi menfaati ön plandadır.
Ceza hukukunda uygulanan hukuk kuralları kamu hukuku temelli iken hukuk yargılamasında uygulanan kurallar özel hukuk temellidirler. Ceza yargılamasında temel kanun Ceza Muhakemesi Kanunu iken hukuk yargılamasında Hukuk Muhakemeleri Kanunu uygulanır.
Ceza yargılamasında kamu yararının ön planda tutulması ve bunun sonucu olarak resen araştırma ilkesi geçerlidir. Hukuk yargılamasında ise birey menfaati ve taraflarca getirilme ilkesi hâkimdir.
Ceza davalarında hâkimin tarafların talepleri ile bağlı olma yükümlülüğü yokken hukuk yargılamasında hâkim yalnızca tarafların talep ettiği hususlar bakımından karar verebilir.
Ceza yargısı ile hukuk yargısı arasındaki önemli bir fark da ceza davalarında savcıların görev almasıdır.
Yargılamaya egemen olan ilkeler yönünden de ceza yargılamasının hukuk yargılamasından ayrıldığı ilkeler mevcuttur. Masumiyet karinesi ve şüpheden sanık yararlanır ilkesi gibi