Fatih Sultan Mehmed, Bozdoğan Kemeri’nin su şebekesini onartmış ve yeni kurulan su şebekesine dâhil etmiştir. II. Bayezid döneminde (1481-
1512) su kemerinin üstüne yeni bir su yolu yapılmıştır. Kemerin, Şehzadebaşı yakınındaki kısmının 1509 depreminde yıkıldığı sanılmaktadır. Kemer,
Kanuni Sultan Süleyman döneminde (1520-66) Mimar Sinan tarafından onarılmış ve yeni kurulan Süleymaniye su şebekelerine bağlanmıştır. Fatih’in
1453’te Kalenderi dervişlerine zaviye olarak tahsis ettiği Komnenoslar dönemi manastırı, daha sonra İstanbul’un ilk mevlevihanesi olarak hizmet vermiştir.
1718, 1720, 1727 tarihlerinde çıkan yangınlarından büyük zarar gören kilise yapısı, Darüssaade Ağası Maktul Beşir Ağa tarafından 1740’lı yıllarda
bir minare eklenmek suretiyle camiye çevrilmiştirç
Şeyhülislam Ahmed (Molla Gürani), fetihten (1453) sonra Ayios Teodoros (Hagios Theodoros) Kilisesi’ni, bir minare ekleterek mescide çevirtmiştir.
II. Bayezid (1481-1512), bu alana 1481-1490 tarihleri arasında medrese, derviş hücreleri, imaret ve kütüphane yaptırarak bir külliye kurdurmuştur.
Kanuni Sultan Süleyman, Süleymaniye semtinde Mimar Sinan’a iki külliye inşa ettirmiştir.Şehzade
Mehmed Külliyesi (1548),Süleymaniye Külliyesi (1550-1559)Süleymaniye
Camii’nde Ayasofya Camii’nin planını kullanan Mimar Sinan, işlevselliğe önem vererek strüktürel çözümler getirmek suretiyle aydınlık bir mekan yaratmıştır.