Dokularda, doku sıvılarında ve kanda bakterileri öldüren (bakterisidal) ve bakterileri durduran (bakteriyostatik) çaşitli maddeler bulunur. Bunların etkileri bakteri türüne spesifik değildir, ancak bazı maddeler bazı bakteri grupları üzerinde daha etkili olabilir. Bakterilere karşı etkili olan en önemli maddelerden birisi lizozim’dir. Lizozim, hemen tüm vücut sıvılarında, yumurta akında ve dokularda bulunur. Gram pozitif bakteriler lizozimin etkisine daha duyarlıdırlar. Lizozim, spesifik antikorların bulunmadığı durumlarda bir opsonin olarak da çalışabilir. Serbest yağ asitleri
bakteri üremesini engelleyen önemli faktörlerdir. Genelde, oleik asit gibi doymamış yağ asitleri bakterisidal etki gösterirken, doymuş yağ asitleri mantar öldürücü (fungisidal) etki gösterirler. Memeli hayvanların dokularında ve hücrelerinde, lizin ve arginin yönünden zengin çeşitli antibakteriyel peptidler ve proteinler bulunur. Bunlar genellikle, nötrofiller ve trombositler tarafından salgılanan proteolitik enzimlerce sindirilen proteinlerden köken alırlar. Bunlardan başka çeşitli dokularda, spermin, spermidin, plakin ve defensinler gibi antibakteriyel maddeler bulunur.