Dayton Anlaşması, çözülmesi güç birçok sorunu da beraberinde getirmiştir. Her şeyden önce bir uluslararası anlaşma sonucu kurulmuş olan Bosna-Hersek’i normal bir devlet olarak değerlendirmek zordur. Savaş sırasında Bosna-Hersek topraklarındaki nüfus dağılımı katliam ve göçler sebebiyle değişmiş, Boşnakların, Bosnalı Sırpların ve Bosnalı Hırvatların ayrı ayrı kontrol ettiği bölgelerin nüfusu etnik bakımdan homojenleştirilmişti. Dayton Anlaşması böyle bir etnik bölünmüşlüğü yasallaştırdığı için, ülkenin toprak bütünlüğüne ve bağımsızlığına yönelik ciddi ve sürekli bir tehdidi beraberinde getirmiştir.
Dayton Anlaşması uyarınca Bosna-Hersek, Bosna ve Hersek Federasyonu (FBiH) ile Sırp Cumhuriyeti(RS) adı altında iki entiteye bölünmüştür. Kendilerine özgü anayasaları, yasama, yürütme ve yargı sistemleri, kolluk teşkilatları, eğitim müfredatları, basın kuruluşları ve bağımsız devletlere özgü diğer kurumları olan bu entiteler, âdeta aynı devlet içindeki iki devletçik durumundadır. Nüfusu 3,5 milyonun altında olan Bosna-Hersek’te, ülkenin karmaşık idari yapılanması sebebiyle aynı anda 5 cumhurbaşkanı, 14 başbakan, 180 bakan, 1.200 yargıç ve savcı görev yapmaktadır. Böylece ülkenin toplam kamu harcamalarının %40’ından fazlası devlet mekanizmasının finansmanına gitmektedir.
Dayton Anlaşması’nda Bosna-Hersek Meclisinin çalışmasının düzenlediği maddelerde, halklar arası eşitliğe aykırı düzenlemeler bulunmaktadır.