III. Murad döneminde de Osmanlı tarihine dair önemli eserler kaleme alınmıştır. 1563-1600 yılları arasındaki olayları anlatan Mustafa Selanikî (Tarih-i Selanikî) bunlardan biridir. XVI. yüzyılın en önemli müverrihlerinden olan Gelibolulu Mustafa Âli altmışa yakın eser kaleme almıştır. Tarihle ilgili en önemli ve hacimli eseri Künhü’l-ahbâr’dır. Bu eserde yaradılıştan başlanılıp, Peygamberler, İslâm devletleri, Türk kavimleri ve 1595 yılı Ekim’ine kadar Osmanlı tarihi anlatılır.
1599’da vefat eden ünlü Osmanlı şeyhülislâmı Hoca Sadeddin Efendi’nin Ta- cü’tt-Tevârih isimli eserini III. Murad döneminde kaleme alınmıştır. Tacü’tt-Tevârih, Selim devri sonuna kadar gelir. Hoca Sadedin, tarihini yazarken Ahmedî, Aşık- paşazâde, Neşri, Hadidî, İdris-i Bitlisî ve İbn Kemal gibi birçok Osmanlı tarihçisini ve olayların akışına göre çeşitli Timurlu, İranlı ve Arap tarihçiler ile bazı vesikaları ve sözlü malumatı kullanmıştır.