Organizmada birtakım değişikliklerin ortaya çıkmasıyla sağlığın ve iyi hal durumunun bozulması, fizyolojik işlev kayıpları, rahatsızlık ve esenlik karşıtı gibi olgular hastalık olarak tanımlanır.

Hastalık ve enfeksiyonlara neden olarak sağlığı olumsuz yönde etkileyen her çeşit organizma ya da madde patojen olarak isimlendirilir.

İmmün (bağışıklık) sistem, yüksek organizasyona sahip hayvansal organizmalarda vücuda yabancı kabul edilen ve antijen adı verilen neredeyse her türlü madde ya da canlı organizma ile bunların sağlık üzerine olumsuz etkilerine karşı gösterilen çok yönlü, karmaşık savunma mekanizmasıdır.

Zoonoz hastalık etkeni kaynağa göre insanlardan hayvanlara bulaşıyorsa anthropozoonoz denir.

Zoonoz hastalık etkeni kaynağa göre hayvanlar ya da onların ürünlerinden insanlara bulaşıyorsa zooanthroponoz terimleri kullanılır.

Barınak ya da laboratuvarlarda yetiştirilen deney hayvanlarında hastalığa neden olan etkenlerin diğer sağlıklı hayvanlara bulaşma olasılığı her zaman vardır. Bazı hastalık etkenleri hayvanlar arasında bulaşma özelliğine sahip iken bazıları bu hayvanlardan insanlara ya da tam tersine insanlardan hayvanlara bulaşabilir. Sonunda çeşitli hastalık ya da hastalık belirtilerinin oluşmasına neden olan bu türden hastalık etkenleri için genel olarak “zoonoz” terimi kullanılır.

Diğer ismiyle Bacillus piliformis, Tyzzer’s hastalığını oluşturan etkendir. Hastalığın bulaşması fekaloral yolla olmaktadır. Fare, sıçan, kobay, hamster, gerbil ve tavşanlarda karaciğer odaklı gelişen, ishal, ağırlık kaybı ve ani ölümler ile kendisini gösteren bu bakteriyel hastalık, kötü barınak şartlarının olduğu ya da bağışıklık sisteminin baskılandığı durumlarda ortaya çıkmaktadır. Özellikle sütten kesim dönemindeki yavrularda görülür.

Kemiricilerin neredeyse tamamından izole edilmiş olan Helicobacter spp. Klinik olarak bazı kemiricilerde hastalığa neden olmaktadır. Helicobacter hepaticus, farelerde karaciğer tümörlerinin oluşumundan sorumlu bir etkendir. Helicobacter cholecystus türü ise hamsterlerde hepatitis, pancreatitis yani karaciğer ve pankreasta yangı ve iltihaplanmaya neden olan  etkendir.

Streptokokal enfeksiyonlar subklinik olmakla birlikte insanlar ve hayvanlar arasında da bulaşma görülmektedir. Streptococcis pneumoniae, kobay başta olmak üzere sıçan ve tavşandan, nadiren de fareden izole edilmiştir. Sıçanlarda rhinitis, fibrinopurulent pleuritis, perikarditis, peritonitis, periorşitis, meningitis, otitis ve pnömoniye neden olmaktadır. Stres faktörlerinin yoğun olduğu dönemde özellikle genç hayvanlarda ortaya çıkabilir. Hastalığa yakalanan hayvanlarda depresyon, burun akıntısı, solunum güçlüğü ve genellikle ölüm görülür.

Staphylococcus aureus, laboratuvar kemiricilerinde yüksek yoğunlukta bulunmuştur. İnsanlara da bulaşma söz konusudur. S. haemolyticus, S. xylosus, S. sciuri ve S. cohnii fare ve sıçanlardan izole edilen diğer stafilokok türleridir. Fare ve sıçanlarda abse ve pnömoni etkeni olması yanında gerbillerde dermatitis etkeni olarak rol oynar.

Kalıtsal mataryeli sadece DNA’dan oluşan ve deney hayvanlarında hastalık etkeni olan virüsler: Parvovirüs, Adenovirüs, Poxvirüs, Herpesvirüs.

Kalıtsal mataryeli sadece RNA’dan oluşan ve deney hayvanlarında hastalık etkeni olan virüsler: Coronavirüs, Cardiovirüs, Paramyxovirüs, Rotavirüs, Togavirüs, Calcivirüs, Reovirüs, Arenavirüs. 

Deney hayvanlarından bulaşabilen başlıca parazitler şunlardır: Strobilocercus fasciolaris, Tritrichomonas muris, Hymenolepis nana, Taenia taeniaformis, Trichinella spiralis, Leishmania, Encephalitozoon cuniculi, Eimeria, Entomoeba histolytica, Balanditium coli, Trypanosoma brucei, Toksoplasma gondii. 

Deney hayvanlarında hastalık oluşumuna neden olan fungus (mantar) türleri direkt temas yoluyla bulaşırlar. Dermatophytes ailesine ait Microsporum spp., Trichophyton spp. ve Epidermophyton spp. kobay ve tavşanlarda sık görülmeyen fakat memelilerde daha sık rastlanan dermatofitosis (tinea) hastalığının zoonoz tipte etkenleridir. Trichophyton mentagrophytes türü laboratuvar deney hayvanlarından özellikle kemiricilerde yaygın bulunur. Çoğunlukla subklinik olarak seyreden enfeksiyon, insanlara temas yoluyla bulaşarak deride oluşan halka şeklinde bozukluklar ve kaşıntı biçiminde etkisini gösterir.

Hayvan barınaklarının içinde olması gereken bölüm ya da odalar da deney hayvanlarında hastalık ve bulaşmaların önüne geçilmesi için atılması gereken ikinci önemli adımdır. Bunlar;

• Yönetici, veteriner hekim ve diğer hizmetli personel için ayrılmış odalardan oluşan bölüm,
• İdareciler haricindeki diğer diğer personelin çalışması veya dinlenmesi için yeterli oda veya odalar,
• Personelin kıyafet değiştirip gerektiğinde duş yapabileceği oda,
• Hayvan türlerinin yapısına ve biyolojisine uygun fiziksel şartların olduğu yeterli sayıda oda,
• Tıbbi ve sarf malzemenin depolanabileceği uygun niteliklerde kapaklı dolapların bulunduğu oda ya da bölüm,
• Kafes, yemlik, suluk ve diğer gereçlerin saklanabileceği kapaklı dolapların yer aldığı oda ile bunların temizliğinin ve dezenfeksiyonunun yapılabileceği oda,
• Yem ve altlık malzemesinin saklanıp korunabileceği için kapaklı kap ve dolapların yer aldığı yeterli büyüklükte depo ya da oda,
• Atıkların barınaktan ya da üreten kuruluştan uzaklaştırılmasına kadar geçici olarak toplanması ve kokuşmanın önlenmesini sağlayacak geçici atık depolama tankı veya gerekirse derin dondurucu,
• Hasta hayvanların bakım, muayene vce tedavisi için kullanılmak üzere ayrı hazırlanmış bir veya birkaç oda,
• Barınağa başka bir yerden gelecek olan ya da gelen deney hayvanlarının karantina süresince bekletilebileceği türlere uygun olarak yapılandırılmış oda veya odalar,
• Barınak aynı zamanda deneyler için de kullanılıyorsa hayvanlar üzerinde araştırma, test ve operasyon gibi işlemlerin yapılabileceği ve gerekli donanımın hazır bulunduğu yeterli sayıda araştırma odası,
• Deneysel uygulama yapılmış hayvanların bakım ve takiplerini  yapılabileceği ayrı bakım odaları,
• Özel deneyler için farklı düzeneklerin hazırlanmasına imkân verecek türden bir araştırma odası.

Biyogüvenlik seviyesi 1 (BGS-1) laboratuvar; hastalık etkeni yetişkin insanlarda enfeksiyona neden olmaz ya da bilinmiyordur. İnsan ve çevreye en az tehlike arz eden, deney hayvanlarında iyi bilinen ajanlar ile yapılan çalışmalar için uygundur. BGS-1 olan hayvan laboratuvarları standart ya da temel tiptedir. Böyle bir laboratuvarda hayvan bakımına ilişkin tüm program ve uygulamalar olmalı, laboratuvar kıyafeti, eldiven, yüz ve göz koruyucu gereçler kullanılmalı, el yıkama lavabosu olmalı, havalandırmada hava çıkışı yönlendirilmiş olmalı ve tekrar içeri alınmamalıdır.

Biyogüvenlik seviyesi 2 (BGS-2) laboratuvar; insan ve çevreye orta derecede tehlike oluşturabilecek etkenler ile enfekte olmuş laboratuvar hayvanlarını içeren çalışmalar için kullanılan temel laboratuvardır. Hastalık etkeni deri, mukoza ve sindirim sistemi bulaşmalarında hastalığa neden olabilir. Bu tip laboratuvarlarda BGS-1 gereksinimlerine ek olarak biyolojik tehlike uyarı işareti (Şekil 8.1), kesici-delici alet önlemi, biyogüvenlik el kitabı olmalı, mümkünse kafes yıkayıcı, sınıf I ya da II biyogüvenlik kabini olmalı, solunum maskesi kullanılmalı, kafes ve atıklar laboratuvar içinde dezenfekte edilmelidir.

Biyogüvenlik seviyesi 3 (BGS-3) laboratuvar; aerosol yani gaz halindeki duman, sis, sprey gibi partiküller yoluyla bulaşan, ölümcül hastalığa neden olabilecek potansiyelde, bilinen doğal veya ekzotik ajanlarla enfekte laboratuvar hayvanları çalışmaları için uygundur. BGS -1 veBGS-2 tipte laboratuvarlarda olması ya da yapılması gerekenler yanında laboratuvar giriş-çıkışları otomatik ve iki ayrı kapıdan kontrollü olarak yapılmalı, laboratuvar kıyafetleri tüm atıklar ile beraber aynı ortamda bulunması gereken otoklav ile dezenfekte edilmeli, kıyafetler ve uygun solunum maskesi özel olmalı, pencere varsa kapalı olmalı, sınıf II biyogüvenlik kabini kullanılmalı, ortam negatif basınçlı olmalıdır.

Biyogüvenlik seviyesi 4 (BGS-4) laboratuvar; insan ve hayvanlarda aşısı ve tedavisi olmayan tehlikeli ve ölümcül enfeksiyonlara yol açan, korunma önlemleri bilinmeyen, aerosol yolla bulaşma riskleri çok yüksek olan ekzotik ve tehlikeli ajanlarla enfekte olmuş hayvanlarla yapılan çalışmalarda kullanılır. Bu üst düzeyde izolasyon laboratuvarlarında önceki 3 seviyeye ait laboratuvarlarda olması gerekenlere ek olarak girişçıkışlarda kıyafet değiştirilmeli ve çıkışta duş alınmalı, pozitif basınçlı kendiliğinden solunum cihazlı elbise kullanılmalı, sınıf III biyogüvenlik kabini kullanılmalı, ayrı bir havalandırma tesisatı yapılmalıdır.

Tıbbi atıklar; Enfeksiyöz atıklar, patolojik atıklar ve kesici-delici atıklar olmak üzere üç gruba ayrılmaktadır.

Enfeksiyöz atıklar: Mikrobiyolojik atıklar, enfeksiyöz vücut sıvıları, tümör, doku, organ parçaları, kan ve kan ürünleri ile bunların bulaşmış olduğu pamuk, bandaj, çarşaf gibi nesneler, enfekte deney hayvanı cesetleri, kullanılmış cerrahi sarf malzemeleri, diyaliz atıkları, karantina bölümü atıkları,
kontamine hava filtreleri ve benzeri enfekte laboratuvar atıkları.

Patolojik atıklar: Ameliyathane, morg ve otopsi atıkları, vücut ve biyopsi parçaları, biyolojik deneylerde kullanılmış ölü hayvanlar ve parçaları.

Kesici-delici atıklar: Enjektör iğneleri ve iğneli diğer nesneler, bisturi, lam-lamel, kırık cam ve pipetler, kırık laboratuvar malzemeleri.