Köprülü Mehmed Paşa, dostlarının valide sultanı ikna etmesi sonucu 1656 Eylül’ünde sadrazam olurken, görevi kabul etmek için bazı şartlar ileri sürüp, pazarlık yaptı. Köprülü, daha önceki sadrazamların, askerin ve sarayın müdahalesinden dolayı iş yapamadığını biliyordu. Seleflerinden daha geniş yetkilere sahip olmadan devlette devam eden düzensizliği ortadan kaldıramaz ve Çanakkale Boğazı’nı abluka altına alan Venedikliler’i yenemezdi. Bunun için valide sultana bazı şartlarının kabulü takdirinde mesuliyeti üzerine alacağını söyledi. Köprülü’nün şartları şunlardı: Huzura ne telhis ederse kabul edilecek, bütün tayin ve azilleri kendisi yapacak, devlet ileri gelenlerinden birinin teşvikiyle icraatına karışılmayacak ve padişah sadrazamla ilgili çıkarılacak olumsuz söylentilere itibar etmeyecekti. Şartları kabul edilen Köprülü sadece kendisinin kararlarının uygulanacağına dair söz almıştı

17. yüzyılın ilk yarısında İstanbul halkı ikiye bölünmüştü ve büyük bir dini tartışma yaşanmaktaydı. İstanbul halkı Kadızâdeli ve tarikat mensupları diye ikiye bölünmüş, kimse diğerinin imamlık ettiği camiye gitmemeye ve hatta birbirlerine selam bile vermemeye başlamıştı. Kadızâdeli imamların vaazlarıyla kendinden geçen halk tarikat mensuplarını sokak aralarında döverken, bazıları da tekkeleri silahlı olarak basıp, zorla kapattırıyorlardı. Kadızâdeliler, IV. Murad döneminde İstanbul camilerinin çoğunun kontrolünü ellerine geçirdiler. Osmanlı yöneticileri, Kadızâdeliler’in dini telkinlerini, halka sıkıntılarını unutturacak geçici bir vasıta gibi görmüştü. Özellikle IV. Mehmed katında itibar sahibi olmuşlardı. 

IV. Murad devrinden itibaren İstanbul’da büyük bir güç hâline gelen Kadızâdeliler, onun sadrazamlığının ilk günlerinde aleyhtarlarını sindirmek ve devlet yönetiminde söz sahibi olmak için harekete geçtiler. Kadızâdeliler yeni sadrazamdan şunları istiyorlardı: İstanbul’daki bütün tekkeleri yıkıp, buraların şeyh ve dervişlerine imanlarını tazelemelerini teklif etmek ve kabul etmeyenleri öldürmek; padişahın huzuruna çıkarak, Peygamber’den sonra ortaya çıkmış bütün bid’atların kaldırılmasını istemek; Padişahların ve ailelerinin yaptırdığı, selâtin camilerinin minarelerinin biri dışındakileri yıkmak. 

Rum Patriği III. Partenios, isyan eden Eflak Voyvodası Konstantin ile temasa geçmişti. Eflak voyvodasına mektup yazıp, Osmanlı İmparatorluğu aleyhine birtakım tertipler içerisine girmişti. Patriğin voyvodaya gönderdiği, ancak Osmanlı yönetimi tarafından elegeçirilen mektupta şu ifadeler yer alıyordu: “İslam devrinin müddetinin tamamlanmasına az kalmıştır. Hristiyanlık tekrar âlemi tutacaktır. Ona göre tedarikte
olasınız. Pek yakında bütün vilayetler Hristiyanlar’ın eline girip, haç ve çana mensup olanlar İslâm memleketlerine sahip olacaklardır”, şeklinde yazdığı mektup üzerine Patrik III. Partenios, 1657 Mart’ında Parmakkapı da asıldı. 

Fatih’ten itibaren patrikler vazifeye seçilmelerinden itibaren padişah tarafından kabul edilirken, III. Partenios’un idamından sonra bu imtiyazları kaldırılıp, veziriazamlar tarafından kabul edilmeye başlandılar.

Venedik donanmasına komuta eden Mocenigo Osmanlı gemilerine saldırı emri verdi. Venedik saldırısı yoğun bir top atışı ile başladı ve daha sonra Osmanlı topları da ateşlenince mahşeri bir gürültü başladı. Mocenigo bu sefer son noktayı koymak için doğrudan Osmanlı baştardesine, yani donanmanın amiral gemisine doğru hamle yaptı. Bu her iki taraf için de kader anı idi. Şayet Mocenigo başarılı olursa İstanbul mutlak bir işgal ile karşı karşıya kalacaktı ama Sadrazam Mehmed Paşa başarılı olursa Osmanlı İmparatorluğu’nun kaderi değişecekti.
Amiral Mocenigo’nun zafer hayalleri, bir top mermisi ile yıkıldı. Kumburnu’ndaki metrislerden, Kara Mehmed adındaki bir topçunun attığı gülle Mocenigo’nun gemisinin barut deposuna isabet etti ve göz açıp kapayıncaya kadar gemi sulara gömüldü. Amiral gemisinin parçalandığını gören diğer Venedik gemileri kaçmaya başladılar.Mocenigo’nun yerine geçen Amiral Barabaro Badoers dağılan birlikleri toparlayıp, tekrar taarruza geçemedi.

Boğaz ablukasının kaldırılmasının ardından sıra Bozcaada ve Limni’nin geri alınmasına gelmişti. Düşman gemileri Bozcaada’ya çekilmişti. Sadrazam gece vakti adaya asker çıkararak, Bozcaada’yı geri aldı. Düşman donanmasının mağlubiyeti ve Bozcaada’nın geri alınması İstanbul’da sevinçle karşılanıp, şenlikler yapıldı. IV. Mehmed Limni alınmadan sadrazamın geri dönmemesini emretti. Venedik Limni Kalesi’ni tahkim etmişti. Ancak adaya gönderilen kaptanıderyanın iki aylık muhasarası sonunda 1657 Kasım’ında Venedikliler teslim oldu. Bozcaada ve Limni’nin alınmasıyla Boğazlar’da emniyet sağlanmıştı.

Erdel Kralı II. Rakoczi György, Lehistan kralı olmak istemiş, ancak Osmanlı yönetimi Erdel hükümdarlığının Lehistan’dan daha iyi olduğunu ve böyle bir faaliyetin de padişahın rızası olmadan gerçekleşmeyeceğini II. Rakoczi’ye haber vermişti. II. Rakoczi ise kendi kafasına göre hareket edip, Eflak ve Boğdan’ı nüfuzu altına alıp, İsveç’le ittifak yaparak Lehistan’a savaş açtı. Bâbıâli, bu durumu haber alınca, Kırım hanını
II. Rakoczi’nin üzerine gönderdi. Kırım kuvvetleri Vistül Nehri’nde sıkıştırdıkları
II. Rakoczi’nin birliklerine büyük bir darbe vurdular. Osmanlı yönetimi bu zaferden sonra Eflak ve Boğdan voyvodalarını değiştirdi. II. Rakoczi gönderilen fermanlara itaat etmeye direnince Köprülü Mehmed Paşa, 1658’de Erdel seferine çıktı. Sadrazam sefere çıkmadan önce kapıkulu ocaklarında kendisine karşı isyan hazırlığında olanları ortadan kaldırttı. Osmanlı ordusu Erdel’e varınca, Yanova’yı ve krallığın merkezi Erdel Belgrad’ını elegeçirdi. II. Rakoczi direnemeyeceğini bildiğinden kaçtı. Erdel tahtına Ekoş Barckay geçirildi. Yeni kralla Yanova, Şebeş ve Lugoş kaleleri Osmanlı İmparatorluğu’nda kalmak ve yıllık 40 bin altın haraç vermek şartıyla antlaşma yapıldı.

Köprülü, II. Rakoczi’yi yakalamak için harekâta devam edecekken Abaza Hasan Paşa isyanını haber alıp, geri döndü. Köprülü’nün sert icraatından kaçanlar ise Abaza Hasan Paşa’nın etrafında toplanmaya başlamışlardı. Şam Valisi Tayyarzâde Ahmed Paşa, Anadolu Valisi Can Mirza Paşa başta olmak üzere ondan fazla vali yanlarında sarıca ve sekbanlarla Konya’da toplandılar. Paşaların yanındaki kuvvet, 30 bin kişiyi geçmişti.
Abaza Hasan Paşa, Köprülü’nün Erdel seferi davetine uymadığı gibi, padişahtan, sadrazamı azletmesini istedi. Bu isteği kabul edilmeyince Anadolu’da büyük bir Celâli isyanı başlattı. 

stanbul’un üçte birini viraneye çeviren büyük yangın 24 Temmuz 1660’da meydana geldi. Ayazma Kapısı dışında peyda olan yangın derhal sur içine sıçradı. Bâyezid, Süleymaniye, Şehzadebaşı, Fatih, Molla Gürâni, Uzun Çarşı, Mahmutpaşa, Hocapaşa, Tahtakale, Sultanahmet, Nişanca ve Unkapanı gibi şehrin müreffeh semtleri alevlere kurban gitti. Binlerce binanın harap olduğu ve büyük can kaybının yaşandığı bu felaketten sonra İstanbul halkı bir de kıtlık ve salgın hastalıklarla boğuştu. 120 saray ve konak, 40 hamam, 360 cami ve mescid, 100’den fazla mahzen, birçok tekke, medrese, kilise ve ev alevler arasında kaldı. 4000’e yakın insan yangın ya da yangının sebep olduğu diğer felaketlerden ötürü hayatını kaybetti. 

Köprülü Mehmed Paşa 85 yaşına gelmişti ve yaşlılığı iş görmesine engel olmaya
başlamıştı. İyice kuşkucu olan sadrazam gittikçe sertleşiyordu. Padişah, sadrazamlığa Şam Beylerbeyi olan oğlunu getireceğine söz verince görevinden ayrıldı. Fazıl Ahmed Paşa, İstanbul’a babası öldüğü gün (30 Ekim 1661) geldi. IV. Mehmed sözünde durarak sadrazamlığa onu tayin etti. Fazıl Ahmed Paşa babasından daha yumuşak ve zeki bir idareciydi. Gerektiğinde birçok kişiyi idam etmesine rağmen, isteklerini siyasi dehası ile yerine getirterek, fazla sertliğe başvurmadan babasının acımasızlığının Osmanlı İmparatorluğu’nda yarattığı korkuyu ortadan kaldırdı.

Fazıl Ahmed Paşa, 1663 Nisan’ında Avusturya seferine çıktı. Sefer sürerken, sadrazam yanında olan ve yolda kendilerine katılan Avusturya elçileriyle barış görüşmeleri yaptı. Ancak Avusturyalılar Erdel’deki taleplerinden vazgeçmediklerinden antlaşma yapılamadı. Ordu Budin’e varınca, harp meclisi kurularak seferin yönünün neresi olması gerektiği müzakere edildi. Mecliste casus raporları değerlendirilerek Uyvar, Komaron ve Yanıkkale’den hangisi üzerine gidileceği tartışıldı.
Fazıl Ahmed Paşa, Uyvar’ın büyük bir kale olduğu ve çevresinde madenlerin bulunduğu, köylerinin de zengin olduğunu belirterek buraya gidilmesi gerektiğini
söyledi. Sadrazamın fikri tartışıldıktan sonra Avusturya elçilerine son bir barış
şansı verildi, ancak kabul etmemeleri üzerine bugün Slovakya toprağı olan Uyvar
istikametine hareket edildi.
Osmanlı ordusu Avusturya’nın önemli savunma mevkilerinden Uyvar’ı kuşatınca Montecucali komutasında yardım kuvvetleri geldi. Fazıl Ahmed Paşa’nın
gönderdiği kuvvetler karşısında Avusturya ordusu geri çekildi.
38 günlük kuşatmadan sonra başka şansı kalmadığını gören kale komutanı adamları ve mallarıyla gitme şartıyla 24 Eylül 1663’te teslim oldu. Daha sonra Uyvar civarındaki diğer kaleler fethedildi. Uyvar’la birlikte 4 büyük kale, 30’a yakın palanga ve 700 köy Osmanlı topraklarına katıldı. Bu fetihler Avrupa’da büyük bir heyecan uyandırdı. Avrupalılar, ihtiyar aslanın sonunun geldiğini sandıkları bir sırada, 16. yüzyıldaki korkuları geri dönmüştü. “Türk gibi kuvvetli” sözü tekrar söylenmeye başlandı.

İspanya, Fransa, Saksonya ve Brandenburg, Avusturya’ya para ve asker yardımında bulunarak Türk ilerleyişini durdurmaya çalıştılar. 

1 Ağustos 1664’te Osmanlı kuvvetleri, Avusturyalı komutan Montecuccoli’nin
komutasındaki orduyla Sengotar (Saint Gottard) mevkiinde karşılaştı. İki tarafın
arasında Raab suyu vardı. Osmanlı topçusunun ateşi üzerine Avusturya kuvvetleri ormana çekildiler. Sadrazam, karşıya bir miktar kuvvet geçirdi. Ancak karşıya geçen kuvvetler üstün Avusturya ordusu karşısında varlık gösteremediler ve bir kısmı şehid düşerken, kalanları nehirde boğuldular. Avusturya kuvvetleri, bu savaşta Osmanlı ordusunu büyük bir hezimete uğratamadıysa da, üstünlük sağlayıp, Türk birliklerinin nehri geçmesini engellemişlerdi.
Avusturya galip gelmesine rağmen, daha önceden hazırlanarak imparatorunn tasdikine gönderilen barış antlaşması da onaylanmıştı. Avusturya, 10 Ağustos 1664’te imzalanan Vasvar Antlaşması’yla Erdel’den çekildi ve Osmanlı fetihlerini de tanıdı. Barış antlaşması yirmi yıl sürecekti. Bu antlaşma Sengotar Savaşı’nda Avusturya galip geldiği için bütün Avrupa’da şaşkınlıkla karşılandı.

Fazıl Ahmed Paşa, Avusturya sınırını emniyet altına aldıktan sonra Girit meselesini halletmek için harekete geçti. Ancak sadrazamın bütün gayretlerine rağmen Kandiye bir türlü fethedilemedi. Venedik’in deniz üstünlüğü Osmanlı askerlerinin yiyecek ve silah
ihtiyacının teminini aksatıyor, adaya başta Fransa olmak üzere çeşitli Avrupa ülkelerinden takviye askerler geliyordu. Ancak Fazıl Ahmed Paşa yılmadan üç yıl kaleyi muhasara etti. Bu sırada IV. Mehmed de 1668 Mart’ında Teselya’dan Yenişehir’e gelerek, durumu yakından takip etmeye başlamıştı. Fransa, Papalık ve Malta kuvvetlerinin mağlup edilmesi, ardından da kalenin muhasarasının şiddetlendirilmesiyle Venedikliler artık dayanamayacaklarını anladılar. Barış görüşmeleri başladı ve 1669 Eylül’ünün başlarında antlaşma imzalandı. 27 Eylül’de ise Kandiye Osmanlılar’a teslim edildi. Böylece yaklaşık 25 yıldır sürüp giden savaşlar sona ermişti.

Karadeniz’in kuzeyindeki steplerde yaşayan Kazaklar bağımsız hareket etmekteydiler. 1649’ta Khmelnisky’nin liderliğinde yarı-bağımsız bir devlet kurdular. Bu Kazak lideri 1648-1653 yılları arasında, Lehistan hakimiyetinden kurtulmak için Osmanlı himayesine girmeye çalıştı. Ancak Kazaklar istedikleri desteği alamayınca, Lehistan’ın baskısından kurtulmak için 1654’te Pereyaslav Antlaşması’nı imzalayarak, Rus Çarlığı’na bağlandılar.

Lehistan’la 18 Ekim 1672’de Osmanlı fetihlerini tanıyan Bucaş (Buçaç) Antlaşması imzalandı. Antlaşmayla Podolya Osmanlı hakimiyetine girmişti. Kazak lideri Doroşenko’nun hakimiyetine bırakılan Ukrayna’nın bir kısmı, Osmanlı Devleti’ne tâbi olarak özerk bir yapıya kavuşuyordu. Antlaşma ile 15. yüzyıldan beri Litvanya’ya yerleşmiş olan Lipka Tatarları’nın, Osmanlı ülkesine göç etmelerine izin veriliyordu. Ayrıca Lehistan’ın pişkeş adı altında, her yıl Osmanlı Devleti’ne 22 bin altın vergi vermesi hususu kabul edilmişti. 

Fransızlar, 17. yüzyılın ortalarından itibaren bir taraftan Osmanlı İmparatorluğu’nun nimetlerinden istifadeye devam ederken, diğer taraftan aleyhimize çalışmaya başladılar. Fransa, “Güneş Kral” lakaplı Fransız hükümdarı XIV. Louis zamanında Girit’te Osmanlılar’a karşı savaşan Venedikliler’e yardım gönderdi. Fransa, kadim düşmanı olmasına rağmen Osmanlı’ya karşı savaşta Avusturya’ya da gizlice yardım etmişti. Bunun yanısıra Fransız elçisinin hapse atılması ve diplomatik krizler ilişkilerin bozulmasına neden olmuştu. 

Çehrin muharebesi Ruslar’la yapılan ilk büyük savaştır. Ukrayna’daki Osmanlı kontrolünün gittikçe güçlenmesi, Hatman Doroşenko’nun Ukrayna’daki Çehrin Kalesi’ni Ruslar’a teslim etmesi Osmanlılar’ın, Özi (Dinyeper) Nehri’nin batısında kalan Ukrayna toprakları üzerinde yeniden hakimiyet sağlama ve Jurko Hmelnitski’yi hatman yapma çabaları, Ruslar ile ilişkilerin gerginleşmesine hatta savaşa sebep oldu. Rusya’nın Ukrayna’daki Kazaklar üzerindeki hakimiyeti kırılmak isteniyordu. 

Osmanlı-Rus savaşı Ocak 1681’de yapılan Bahçesaray Antlaşması ile son buldu.
Antlaşma ile Özi Nehri boyunca Ukrayna ikiye bölündü ve Kiev Rusya’da kaldı. İlk Türk-Rus antlaşması olan bu antlaşma ile iki devlet arasında 20 yıllık bir ateşkes yapılmıştı.