Katmanlar, aynı resim alanı üzerinde geçirgen asetat sayfalar gibidir. Bir bütünü oluşturan görsellerin farklı sayfalarda bulunup aynı sayfadaymış gibi görünmesini sağlarlar.

Yeni bir resim oluşturulduğunda katmanlar paletinin en alttaki resmin bulunduğu katman background (arka plan) olarak adlandırılır. Bir resmin sadece bir arka plan katmanı vardır. Bir arka plan katmanının sırası, harmanlama modu, opaklığı değiştirilemez. Bu değişiklikler ancak arka plan katmanını normal katmana dönüştürüldüğünde yapılabilir. Katmanlar paletinin en altındaki katman arka plan katmanıdır anlamına gelmez. Normal bir katman da paletin en altında durabilir.

Yeni bir katman oluşturmak çok kolaydır ve birden fazla yolu vardır:
1. Farklı resim pencereleri ayrı ayrı açılıp bir resim penceresinin diğerinin üzerine sürüklenerek, sürüklenen resim alanının üzerine yeni bir katman oluşturulması sağlanabilir.
2. Herhangi bir programdan kopyalanıp resim alanına yapılan her yapıştırma işlemi aynı zamanda yeni bir katmanın oluşturulması anlamına da gelir.
3. Katman paletindeki seçenekleri kullanarak katman eklenebilir. Diğer yöntemlerden farklı olarak bu yöntem yeni katman oluştururken katman özelliklerinin belirlenmesini de sağlar.

Katman paletindeki katman sıralamasına stacking order (yığın sırası) adı verilir.

Katman yığın sırası tüm resmin doğru algılanması adına önemlidir. Sıralamanın değiştirilmesi resmin bütününü bozabilir. Resmi düzenlerken katmanların yığın sırasını değiştirip diğer katmanlarla farklı konumlandırmaları sağlanabilir.

Normal şartlarda dolu katmanın opaklığı %100 (Opacity) dür ve üstteki katmanlar altta kalanları örter. Üstteki katmanın alttaki katmanı da göstermesi istendiğinde 100’den sıfıra kadar değişen oranlarda geçirgen olması sağlanabilir. Değer küçüldükçe katmanın görünürlüğü de azalır.

Harmanlama seçeneğiyle bir katmandaki piksel gruplarının diğer katmanlardaki piksel gruplarıyla farklı biçimlerde ilişkilendirilmesi sağlanır. Bir katmanın altındaki katmanlarla farklı filtrelerle etkileşim kurması harmanlama seçenekleriyle mümkündür.

Bağlanması istenen katmanlar shift tuşuna basılıyken seçilir. Bu durumdayken paletin altındaki Link layers (katmanları bağla) zincir görünümlü simgeye tıklanır.

Farklı katmanları tek katmana dönüştürmek için katman palet seçeneklerinden katmanları merge layers (birleştir) seçeneği kullanılır. Unutulmamalıdır ki bu birleştirmede bir daha ayırma işlemi yapılamaz. Bu işlem bir daha ayrılmak istenmeyen katmanlar arasında yapılmalıdır.

Katman paletinin altındaki “fx” iflaretine tıklayarak çıkan pencereyi yöneterek katmana farklı stiller oluşturmak mümkündür. Katman stilleri background katmanlarına uygulanamaz. Stiller ancak zemin arkaplan katmanının üzerine oluşturulmuş katmanlarda seçilebilir hale gelir.

Resim alanına metin eklemek için araç kutusundan type tool (yazı aracı) aracını seçip resim alanına tıklamak yeterlidir. Böylece katman paletine otomatik olarak metin katmanı eklenmiş olur.

Özellikle katman sayısının çok olduğu karışık çalışmalarda katmanlara ulaşmayı ve işlem yapmayı hızlandırmak için kümeler oluşturmak oldukça kolaylık sağlar. Bu işlem, katmanlar grubunun yığın içindeki yerini değiştirmeyi, gizleyip görünürlüğünün sağlanması ve resim alanında ulaşılmasını pratik hale getirir.

Katman eşleri bir düzenlemenin alternatiflerini farklı farklı kaydetmektense tek bir belge üzerinde kaydedip gösterebilme imkânı verir. Katmanlı bir resim dosyasının farklı görünümleri arasında geçiş yapma kolaylığı sağlar. Resim alanı üzerinde birden fazla düzenleme alternatifi yapmak ve herbir alternatifi ayrı bir yerde korumak katman eşlerini kullanarak çok kolaydır. Bir sunumda katman eşlerini kullanarak farklı seçenekler sunmak tasarımcıya çok fazla kolaylıklar sağlar.

1. Resmin boyutu küçülmüş olur.
2. Resmin gönderimi kolaylaşmış olur.
3. Resim başka uygulamalara kolaylıkla taşınabilir.
4. Başka formatlara dönüşebilme özelliği alır.
5. Renk seçeneklerini uygulama sağlanmış olur.

Resim belgesi ekran ortamında kulanılacaksa RGB, basılı malzeme üzerinde kullanılacaksa CMYK katman seçeneğinde çalışılmalıdır. Belge siyah beyaz kullanılacaksa GRAYSCALE seçeneğinde olmalıdır.

Maske, yapılacak işlemden tüm alanın değil kısmi bir alanın etkilenmesi için, bazı alanları koruma altına alırken bazı alanların etkiye açık bırakılması işlemidir.

Maskeli alanı daha sonra tekrar kullanmak için seçim>seçili alan› kaydet (Select>save selection) seçeneğinden kaydedip, tekrar aynı yerden seçimi getirip (load selection) işaretleyek istenen alanı seçilmiş alana dönüştürebiliriz.

Alfa kanallarını düzenleyerek ve kaydederek kalıcı maskeler oluşturulabilir. Alfa kanalları kaydedildikten sonra başka resim alanlarına da taşınabilir. Bir alfa kanalının sahip olduğu boyut ve çözünürlük değerleri ait olduğu resim alanıyla aynıdır. Alfa kanalları temelde iki amaçla kullanılır.
a. Maskelemek
b. Spot renk kanalı oluşturmak

Vektör maske üzerindeki tam siyah tonlar ait olduğu katmandaki alanı gizler. Tam beyaz alanlar ise ait olduğu katmandaki alanları tam gösterir. Gri alanlar ise yarı geçirgendir. Siyahtan beyaza geçen degrade bir alanın eriyerek yok olmasını sağlar.

Extract (Ayıklama) komutu dekupe ve zemin boşaltma çalışmalarında zahmetli uğraşların birçoğunu ortadan kaldırmak amacıyla, saç ve tüy gibi en ince detayların elde edilmesini sağlayan bir seçim yapma aracıdır.