Soruşturma evresi, bir şüphe üzerine başlar. Bu şüphe, somut olgulara dayanan basit bir şüphe veya  başlangıç şüphesidir. Basit şüphe, dayandığı emareler itibariyle ispat gücü yetersiz, basit, sayıca az olan şüphedir. Şüphe, belirli olguların varlığını gerektirir. Bu olgular şüpheyi, herhangi bir emareye dayanmayan soyut tahminden ayırırlar. Olgu yoksa şüphe de yoktur.

Şüpheli veya sanığın savunmasını yapan avukata “müdafi” denir. Suçtan zarar gören veya malen sorumlu kişiyi temsil eden avukata ise “vekil” adı verilir.

Müdafi şüpheli veya sanığın ceza muhakemesinde savunmasını yapan avukattır. Soruşturmanın başlamasından hükmün kesinleşmesine kadar, suç şüphesi altında bulunan kişiye uzman kişi sıfatıyla hukuki yardım sunan kişi müdafi olarak adlandırılmaktadır. İsteğe bağlı ve zorunlu müdafiliğin kapsamı, müdafiin hak, yetki ve yükümlülükleri, müdafi görevlendirilmesi gibi hususlar, CMK’nın 149 ve devamı maddelerinde ve çok çeşitli hükümlerinde ayrıntılı olarak düzenlenmiştir.

Müdafilikten farklı olarak vekillik CMK’da ayrı bir bölümde özel olarak düzenlenmiş değildir. Bununla birlikte, birçok hükümde müdafilikle vekilliğin paralel düzenlendiği görülmektedir. Aynı şekilde, zorunlu müdafilikte olduğu gibi, kısmen zorunlu vekilliğe de Kanunda yer verilmiştir (m. 234/2, 239/2).

Suç şüphesinin yetkili makamlarca öğrenilmesi ile başlayan ve iddianamenin kabulü ile
son bulan evreye “soruşturma” adı verilir. Soruşturma evresi, suç şüphesinin yetkili makamlarca öğrenilmesi ile başlar ve iddianamenin kabulü kararının verilmesi ile sona erer.

Kovuşturma evresinde suç şüphesi altında bulunan kişiye “sanık” denir. Sanık, kovuşturmanın başlamasından sonra şüphelinin aldığı sıfattır. Suç şüphesi altında bulunan kişi, kovuşturma evresinde sanık olarak nitelendirilir. Böylece, sanıklık, iddianamenin kabulünden hüküm kesinleşinceye kadar geçen aşamada suç şüphesi altında bulunan kişinin içinde bulunduğu hukuki statüyü ifade etmektedir. İlk derece yargılaması, istinaf ve temyiz aşamalarında, kişi, sanık statüsündedir. Hükmün bir biçimde kesinleşmesiyle sanıklık
da sona ermektedir.

İfade alma, Cumhuriyet savcısı ve kolluk tarafından soruşturma konusu suçla ilgili olarak şüphelinin bilgisine başvurulmasıdır. Sorgu ise, aynı işlemin hakim veya mahkeme tarafından yapılmasıdır. Soruşturma evresinde hakimin, kovuşturma evresinde ise mahkemenin, suç şüphesi altında bulunan kişinin (şüphelinin veya sanığın) olayla ilgili olarak bilgisine başvurması sorgu olarak adlandırılmaktadır.

Malen sorumlu, işlenmiş olan suçun hükme bağlanması ve bunun kesinleşmesinden sonra, maddî ve malî sorumluluk taşıyarak hükmün sonuçlarından etkilenecek veya bunlara katlanacak kişidir. Malen sorumlu bireysel savunma makamında yer almasına rağmen, kamu davasına katılabilmesi kabul edilmektedir (m. 237). Malen sorumlu, sanığın yanında kamu davasına katılabilir ve savunmasında sanığa yardımcı olabilir. Örneğin onyedi yaşındaki bir çocuğun işlediği bir suçtan dolayı alacağı adli para cezasından malen sorumlu olan kişi, bu çocuğun veli ya da vasisidir

Suçüstü (meşhut suç);
• halen işlenmekte olan suçu,
• henüz işlenmiş olan fiil ile fiilin işlenmesinden hemen sonra kolluk, suçtan zarar gören veya başkaları tarafından takip edilerek yakalanan kişinin işlediği suçu,
• fiilin pek az önce işlendiğini gösteren eşya veya delille yakalanan kimsenin işlediği suçu ifade etmektedir.
Suçüstü halinde; işlenmesine devam eden, henüz işlenmiş veya çok kısa bir süre önce işlenmiş olan bir fiil söz konusudur. Bu hallerde herkesin şüpheliyi yakalama yetkisi bulunmaktadır (m. 90).

Disiplin hapsi, kısmi bir düzeni, örneğin bir mahkemenin, disiplin ve düzenini veya yargılamanın esenlikle yürütülmesini sağlamak üzere uygulanan bir yaptırımdır. Bu yaptırıma karar vermeye mahkeme başkanı veya hâkim yetkilidir. Ancak önemle belirtilmesi gerekir ki, disiplin hapsi teknik anlamda bir hapis cezası değildir. Disiplin hapsi gerektiren fiil, teknik anlamda bir suç olarak kabul edilmemektedir. Bu yüzden disiplin hapsi, hapis cezasından farklı bir özgürlüğü kısıtlayıcı yaptırımdır.

İddianame mahkeme tarafından kabul edilirse, soruşturma evresi sona ermiş; ceza muhakemesinin ikinci evresi olan kovuşturma evresi başlamış olur

Geniş anlamda kovuşturma evresi içinde yer alan olağan kanun yolu denetimi sonunda, kural olarak, ilk derece mahkemesinin hükmü onanır veya bozulur. Onanan hüküm kesinleşir ve böylece geniş anlamda kovuşturma evresi ile sanıklık statüsü sona ermiş olur.
Onanan hüküm mahkumiyet ise, infaz ve hükümlülük aşaması başlamış olur. Temyiz incelemesi sonucunda karar bozulursa, ilk derece mahkemesi bozmaya uyar ya da direnir. Mahkeme bozma kararına uyarsa yeni bir hüküm kurar ve bu hüküm de
aynı şekilde denetime tabidir. Buna karşılık, ilgili ceza dairesinin bozma kararına direnme söz konusu olursa, Yargıtay Ceza Genel Kurulu tarafından kesin olan bir karar verilir. Böylece yine geniş anlamda kovuşturma evresi sona ermiştir.

Doğrudan kaynaklarında başında anayasa gelmektedir. Anayasada ceza muhakemesine ilişkin birçok temel ilkeye yer verilmiştir. Örneğin adil yargılanma hakkı (m. 36/2), makul süre içinde yargılanma hakkı (m. 19/8), kanuni hakim güvencesi (m. 37), suçsuzluk karinesi (m. 38/4), hukuka aykırı olaral elde edilen delillerin değerlendirilmesi yasağı (m. 38/6), hakimlerin bağımsızlığı (m. 138), duruşmanın aleniliği (m. 141/1), kararların gerekçeli olması (m. 141/3) gibi. Bunun dışında Anayasada yakalama ve tutuklama (m. 19), arama ve elkoymaya (m. 20, 21) ilişkin düzenlemeler de yer almaktadır.

Ceza muhakemesi hukukunun temel kaynağı 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunudur. 1929 tarihli ve 1412 sayılı CMUK’un yerini alan 5271 sayılı CMK, 4.12.2004 tarihinde kabul edilmiş, 1.6.2005 tarihinde yürürlüğe girmiştir. Ceza muhakemesi alanındaki genel kaynak olan CMK, ceza muhakemesinin nasıl yapılacağı hususundaki kurallar ve bu sürece katılanların hak, yetki ve yükümlülüklerini düzenlemektedir (m. 1).

Usulüne göre yürürlüğe konulmuş olan uluslararası sözleşmeler kanun hükmünde olup (Anayasa m. 90/5), ceza muhakemesi hukukunun kaynakları arasındadırlar. Bu sözleşmeler arasında Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi (AİHS) özel bir öneme sahiptir. Ayrıca; Birleşmiş Milletler Kişisel ve Siyasi Haklar Sözleşmesi, Birleşmiş Milletler Evrensel Beyannamesi, Suçluların İadesine Dair Avrupa Sözleşmesi, Diplomatik İlişkiler Hakkında Viyana Sözleşmesi, NATO Devletleri Kuvvetler Statüsü Sözleşmesi, İşkenceye Karşı Birleşmiş Milletler ve Avrupa Sözleşmeleri ceza muhakemesi hukukunun kaynakları arasında sayılabilir.

Dolaylı kaynaklar doğrudan uygulama imkanı olmayan, doğrudan kaynakların yorumlanması için başvurulan kaynaklardır. Dolaylı kaynaklar arasında mahkeme içtihatları, doktrin, gelenek ve ahlak kuralları sayılabilir. Kural olarak bir bağlayıcılığı olmayan
yardımcı kaynaklar, kanun hükümlerinin yorumlanmasında rol oynamaktadırlar. Bununla birlikte, Yargıtay İçtihadı Birleştirme Kararlarına, benzer hukuki konularda bağlayıcı etki tanınmıştır (Yar. K. m. 45/5).

Yorum ile kıyas birbirinden farklıdır. Yorum, mevcut bir hukuk kuralının anlamının açıklanması faaliyetidir. Yorumla hukuk kuralına yeni bir kavram eklenmemektedir. Kıyas ise, kural boşluğu bulunan bir alanda yeni bir kural oluşturmaktır. Kıyas, bir olaya ilişkin hukuk kuralının, kanun tarafından düzenlenmemiş benzer bir olaya uygulanması demektir. Kıyasta, kanunda bulunan boşluk doldurulmakta; önceden var olmayan bir kural meydana getirilmektedir.

Sınırlayıcı kurallar, hak ve özgürlüklere sınırlama getiren kurallardır. Örneğin tüm
koruma tedbirleri, temel hak ve özgürlükleri sınırlandırıcı nitelik taşırlar.

Milletvekillerinin Meclis çalışmalarındaki oy ve sözlerinden, Mecliste ileri sürdükleri düşüncelerinden ve
kural olarak bunları Meclis dışında tekrarlamak ve açığa vurmaktan dolayı sorumlu tutulmamaları (Anayasa m. 83/1), milletvekili sorumsuzluğudur. Sorumsuzluk kapsamına giren fiillerden dolayı milletvekilleri hakkında muhakeme yapılamaz.

Milletvekili dokunulmazlığında ise, seçimden önce veya sonra bir suç işlediği ileri sürülen bir milletvekili, Meclisin kararı olmadıkça tutulamaz (yakalanamaz), sorguya çekilemez, tutuklanamaz ve yargılanamaz. Ağır cezayı gerektiren suçüstü hali ve seçimden önce soruşturmasına başlanılmış olmak kaydıyla Anayasanın 14. maddesindeki durumlar
bu hükmün dışındadır. Ancak, bu halde yetkili makam durumu hemen ve doğrudan doğruya Türkiye Büyük Millet Meclisine bildirmek zorundadır (Anayasa m. 83/2). Görüldüğü üzere dokunulmazlık sözkonusu olduğunda ve kaldırılmadığı sürece, yapılamayan,  sadece bazı ceza muhakemesi işlemleridir. Sayılanlar dışındaki soruşturma işlemlerinin
yapılması ve dava açılması mümkündür

Ceza muhakemesi kurallarının herkese uygulanacağı ilkesinin bazı kişiler bakımından istisnaları bulunmaktadır. Bunlar Cumhurbaşkanı, milletvekilleri, diplomasi ve konsolosluk temsilcileri ve yabancı askerlerden ibarettir.

Diplomasi temsilcileri, görevli olarak bulundukları ülkenin ceza mevzuatına değil, kendi ülkelerinin kanunlarına tabidirler. Dokunulmazlık görev süresince devam eder. Diplomasi temsilcilerine tanınan bu dokunulmazlıktan onların aileleri de yararlanmaktadır. Bulundukları ülkede yargılanamayan ve cezalandırılamayan diplomasi temsilcilerinin bu ayrıcalık ve bağışıklıklarının pozitif dayanağı, 1961 tarihli Viyana Sözleşmesidir. Konsolosluk memurları ise görev sırasında işledikleri suçlarla sınırlı olarak bulundukları devletin yargılama yetkisinden muaftırlar. Bu görevlilerin sahip oldukları sınırlı ayrıcalıkların pozitif dayanağı, 1963 tarihli Konsolosluk İlişkileri Hakkında Viyana Sözleşmesidir