Asidorezistanslar hücre duvarlarında yüksek oranda bulunan mikolik asit nedeniyle asit ortamdan etkilenmeyen ve aside direnç gösteren bakterilerdir. Bu grup içerisinde yer alan en önemli bakteriler mikobakterilerdir.

Mikobakteriler Gram pozitif, 0.2-0.6 µm x 1.0-10 µm boyutlarında, hafif kıvrık veya düzgün çomak ya da kokoid şekilde, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz, fimbriasız ve aerobik bakterilerdir. Mikobakterilerin temel özellikleri yavaş üremeleri, aside dirençli olmaları, hücre duvarlarında bol miktarda lipid bileşikleri ve genomlarında yüksek GC içermeleridir. DNA’larındaki yüksek GC (%62-%70) oranı ile diğer mikolik asit üreten bakterilere (Nokardia, Rodokok ve Korinebakteri) benzerler.

Mikobakteriler asido-rezistans bakteriler olarak tanımlanırlar. Bu özellik, hücre duvarındaki mikolik asit, peptidoglikan ve arabinomannan’ın oluşturduğu tabaka ile ilişkilidir. Anilin boyası bu tabaka ile bağ oluşturarak asit ve alkol etkisine karşın yerinde kalır. Bu özelliği ortaya çıkarmada özel bir asid fast boyama yöntemi olan Ziehl-Neelsen yöntemi kullanılır. Karbol fuksin gibi bir anilin boyası ile boyandıktan sonra alkol ve hatta asit-alkol ile yapılan renk giderme işleminde aldıkları boyayı bırakmazlar. Bu nedenle, asit ve alkole dirençli basil olarak da adlandırılmaktadırlar. Gram boya ile kolay boyanamamalarına rağmen Gram pozitif olarak kabul edilirler, ancak bu tür sınıflandırmada yer almazlar. Asido-rezistans karakterleri bazı türlerin bazı çoğalma dönemlerinde azalabilir veya kaybolabilir.

Runyon sınıflamasına göre bu etkenler üreme hızı, koloni morfolojisi ve pigment üretimine göre 4 grupta toplamıştır. Grup I Fotokromojenik’ler, ışıkla temas ettikten sonra sarı pigmetli koloniler meydana getirirler. Yavaş ürerler, kolonilerin görülebilmesi için 7 gün ya da daha fazla zamana gereksinim bulunur. Örneğin; M. kansasii, M. marinum, M. asiaticum, M. simiae. Grup II Skotokromojen’ler, ışığa bağlı olmadan sarı veya portakal renkli koloniler meydana getirirler. Yavaş ürerler. Örneğin; M. gordonae, M. scrofulaceum, M. szulgai, M. xenopi. Grup III Nonfotokromojenik’ler, ışıkta çok az pigmentli veya pigmentsizdirler. Yavaş ürerler. Örneğin; M. intracellulare, M. ulcerans, M. terrae. Grup IV Değişken pigmentasyon gösterenler, hızlı ürereler ve 7 günden daha az sürede kolonileri görülür. Örneğin; M. phlei, M. smegmatis, M. fortuitum, M. cheloeni. Runyon sınıflamasında yer alan etkenler ayrıca, “saprofitik mikobakteriler” ve “tüberküloid” olarak da tanımlanmaktadır. Bu bakterilerin büyük çoğunluğu çevrede bol miktarda bulunurlar. Çoğu patojenik değildir, bazıları ise sadece bağışıklık sistemi zayıflamış konaklarda oportunistik infeksiyonlara neden olurlar. 

Mycobacterium tuberculosis insan, Mycobacterium bovis sığır ve Mycobacterium avium kanatlı tüberkulozunun başlıca etkenleridir. Diğer patojen mikobakterilerden M. leprae insan leprası (cüzzam) ve M. avium subsp. paratuberculosis sığır paratüberküloz hastalığının etkenleridir. Mycobacterium bovis ve Mycocacterium avium subsp. avium ince, 4 µm’ye kadar uzunlukta olabilirlerken M. avium subsp. paratuberculosis kalın ve genellikle de 2 µm uzunluktan kısadır. Bakteriyolojik bazı benzer özellikleri ve DNA benzerlikleri nedeniyle birbirleriyle yakın ilişkili türler “kompleks” başlığı altında toplanmaktadırlar. “M. tuberculosis kompleks” M. tuberculosis, M. bovis, M. microti, M. africanum ve M. bovis BCG’yi içermektedir.

M. tuberculosis kompleksinde patojenik mikobakterilerin ayrımı için üreme hızı ve koloni görünümü, kolonilerden yapılan Ziehl-Neelsen boyama, biyokimyasal profil, analitik ve moleküler teknikler kullanılabilir.

Mikobakteriler tarafından meydana getirilen en önemli hastalık tüberkülozdur. Mikobakteriler tarafından meydana getirilen en önemli hastalık tüberkülozdur. OIE’ye göre B listesinde yer almakta olan tüberküloz evcil hayvanlar arasında en çok sığırlarda görülmektedir. Bunun dışında domuz, kedi, köpek, koyun, keçi, at ve kanatlılarda da infeksiyona rastlanır. Doğal yaşamda başta geyikler olmak üzere fil, lama, mink gibi birçok tür infeksiyona duyarlıdır. Sığır tüberkülozu tüm dünyada görülmektedir. Hastalığın zoonotik özelliği ve kronik progresif bir tabiata sahip olması nedeniyle birçok ülkede eradikasyon çalışmaları yapılmıştır. Eradikasyon çalışmaları başarılı olduğu ülkelerde bile M. avium kompleks ve diğer saprofitik mikobakterilerin sığırlarda neden oldukları infeksiyonlarla zaman zaman rastlanmaktadır.

M. bovis sığırlarda kongenital, sindirim, solunum, genital ve deri yolu ile bulaşabilir. Kalabalık ve havasız ahırlarda bulunan infekte hayvanlar öksürük ve tıksırık yolu ile sağlamları bulaştırarak hastalığın hızla yayılmasına yol açarlar. M. bovis çevrede birkaç ay canlı kaldığı taktirde bulaşma genellikle infekte sığırlardan kaynaklanan aerosol yolla olmaktadır. Özellikle süt sığırlarında yetiştiriciliğe bağlı olarak süt sağımı ve kış aylarında barınma koşulları riski artıran faktörlerdir. Endojen yolla oluşan tüberkülozik mastitisler halk sağlığı ve buzağı beslenmesinde büyük tehlike kaynağıdır. Buzağılar kontamine sütü sindirim yoluyla alarak infekte olurlar. Sütün pastörizasyonu, süt ürünlerinden insanlara bulaşmayı önlemektedir. Nadir olarak insandan sığırlara M. tuberculosis bulaşması bildirilmiştir

Tüberkülozun tanısı için laboratuvara canlı hayvanlardan idrar, süt, kraşe, uterus akıntıları, deri kazıntıları, ölü hayvanlardan ise lezyonlu doku ve organlar gönderilebilir. M. avium subsp. paratuberculosis’in bakteriyolojik teşhisi ve moleküler çalışmalar için şüpheli ya da infekte hayvanların rektumundan alınan mukoza kazıntısı ve gaita; serolojik çalışmalar için kan ya da kan serumu gönderilir.

Şüpheli örneklerden hazırlanan preparatlar Ziehl-Neelsen yöntemi ile boyanarak mavi zemin üzerinde kırmızı renkli etkenler aranır. Ancak, saprofitik karakterde olan asidorezistans etkenler de aynı görüntüyü verebilirler. Bu nedenle diğer laboratuvar yöntemlerine geçilmelidir. Örneklerin santrifüj ile bir tüpün dibine çöktürülerek toplanması, yani yoğunlaştırılması ve buradan yayma yapılması, tanı koyma şansını arttırır. Florosan antikor tekniği de bakteriyoskopi amacıyla kullanılabilir.

Mikobakterilerin kültürü amacıyla, laboratuvara gelen şüpheli örneklerden ekim için inokulum hazırlamak gerekmektedir. Bunun için, organ materyali mekanik olarak ezilir ve fizyolojik tuzlu su ilave edildikten sonra homojenize edilir. Sıvı materyal, 3000 devirde 15-20 dakika santrifüj edilir. Diğer kontaminantları engellemek için örnekler NaOH, oksalik asit, trisodyum fosfat gibi bazı maddelerle prosedürlerine uygun olarak muamele edilirler. Daha sonra Hohn’un yumurta besiyeri, Petragnani veya Löwenstein-Jensen besiyeri gibi gliserinsiz besiyerlerine ekimler yapılır ve 37°C’de 8-12 hafta inkubasyona kaldırılır. Patojen mikobakterilerin bulunduğu gruptaki etkenler 5 günden daha uzun bir sürede üreme gösterirler.

M. bovis, M. tuberculosis’e göre daha yavaş ürer. M. bovis ilk kültürlerde 5-8 haftada üreme gösterir; koloniler sarı-beyaz renkte, karnıbahar şeklinde ve R tiplidir. M. tuberculosis 3-4 haftada ilk üremeyi gösterir. Kolonileri R tipli, sarı, beyaz renkli ve besiyerine yapışmış şekildedir. M. avium 2-3 haftada ürer. S formunda, yapışkan, diffuz koloniler meydana getirir. Atipik mikobakteriler ise (nonkromojenler hariç) sarı-turuncu renkli koloniler oluştururlar. Bu etkenlerin oluşturdukları kolonileri ve üreme süreleri genel olarak M. avium’a benzer. M. avium subsp. paratuberculosis’in dışkı ve dokulardan izolasyonu hassas ve çok zaman alan bir işlemdir. Örnekler %0,3 benzalkonyum klorid ile dekontaminasyonu ve santrifüj ile konsantrasyonu takiben mikobaktinsiz “Herrold egg yolk” besiyerine tortu ile birlikte inokule edilir. Kültürler 37°C de 16 hafta inkube edilir ve her hafta kontrol edilir. İnkubasyon sonunda 1 mm çaptan daha az olan koloniler genellikle renksiz ve hemisferik görünüşlü olup 5-16 haftada oluşurlar. Mikobakterilerin birbirinden ayrılması için çeşitli biyolojik ve biyokimyasal testlerden yararlanılmaktadır.

Serolojik testler yeterli hassasiyet ve özgünlüğe sahip değillerdir. Hemaglutinasyon ve aglutinasyon gibi testler sığır tüberkülozunda tanı için uygun değildirler. Ancak, son zamanlarda FAT, RIA, ELISA, gamma interferon gibi tekniklerle daha spesifik ve sensitif sonuçlar alınmaktadır. Tüberkülozun tanısında daha çok bir alerjik test olan tüberkülin kullanılmaktadır. Tüberkülin testinde saflaştırılmış protein ekstratları (PPD) sulandırılarak deri içi yolla uygulanır. Derideki kalınlaşmaya göre değerlendirme yapılır.

Son yıllarda, insan ve hayvan tüberkülozunun tanısında moleküler yöntemlerden yararlanılmaktadır. Spesifik DNA bölgesinin çoğaltılarak tanımlanmasını sağlayan PCR ve benzer teknikler M. tuberculosis ve M. bovis’in tanısında yaygınlık kazanmaktadır. Klinik materyallerden (balgam, idrar, kan, lenf düğümü, süt) yapılan PCR çalışmaları insan ve sığır kökenli tüberkülozun tanısında kullanılmaktadır.

Aktinomiçesler, aktinomisetler içinde yer alan bakteri gruplarındandır. Aktinomiçesler, Gram pozitif, uzun, filamentöz ve pleomorfik yapıda, hareketsiz, kapsülsüz, sporsuz, anaerobik veya fakültatif anaerobik bakterilerdir. Üremek için zenginleştirilmiş besiyerine gereksinim duyarlar. Modifiye Ziehl Neelsen boyamada negatiftirler. Mukoz membranlara kolonize olurlar

Veteriner hekimlikte öneme sahip türler Actinomyces bovis, A. viscosus ve A. hordeovulneris’dir. Bu mikroorganizmalar farklı hücre duvarı yapılarına sahiptir. A. viscosus’daki yüzey fibrilleri konak hücreleri ve diğer bakteriler için adhesin özelliğinde olabilirler. Bu türler grup antijenlerine ve serolojik alttiplere sahiptirler. Üremeleri için serum veya kan içeren zenginleştirilmiş besiyeri gereklidir. Sabouraud dextrose agarda veya oda ısısında üreme olmaz. Karboksifilik veya fakültatif anaerobiktirler. Kolonilerin gelişimi için 37°C de birkaç günlük inkübasyon gerekebilir. Koloni morfolojisi türler arasında değişiklik gösterir. A. bovis ve A. hordeovulneris kolonileri tipik olarak agara yapışır ve genellikle nonhemolitiktirler. A. viscosus biri büyük ve düzgün diğeri küçük ve kaba olmak üzere iki tür koloni oluşturur. Büyük koloni V, Y ve T harfi şeklindeki hücrelerden, daha küçük koloniler kısa branşlı filamentlerden oluşur. Koyun kanı katılmış kanlı agarda tam sınırlanmamış hemoliz görülür. Tiyoglikolat buyyonda üreme yaygın veya kümelenmiş şekilde (ekmek kırıntısı şeklinde) olabilir. Boyanmış preparatlar da türlerin bireysel morfolojik özellikleri ayırıma yardımcı olur. Jelatini hidrolize ederler. İrindeki granüllerin karakteri etkene göre farklılık gösterebilir. Bazı istisnalar (A. viscosus, A. hordeovulneris) dışında katalaz negatiftirler. Bu mikroorganizmalar ısıyla ve dezenfektanlarla kolayca ölür ve kültürde canlı kalmaları için sık pasaj gerektirir.

Aktinomiçesler, mukoz membranlarda, diş yüzeylerinde ve daha az olarak da gastrointestinal bölgede bulunur. A. hordeovulneris dışında bu cinsin patojenik üyeleri memelilerin mukoz membranlarında kolonize olur. A. bovis sığırların ve diğer hayvanların orofarinksinde bulunur. A. viscosus köpek ve insanların ağız boşluklarında komensaldir. A. hordeovulneris’in yerleşim yeri kesin olmamakla birlikte bu organizma Hordeum cinsi otların tohum başlarındaki dikenlerle yakın alakalıdır. Aktinomikotik infeksiyonların çoğu endojendir. İnfeksiyon bakterinin konakçısındaki duyarlı bir dokuya ulaşması ile şekillenir. İnfeksiyonlar üst sindirim sisiteminin mukoz membranlarındaki yaralarla başlar. Isırma diğer bir bulaşma yoludur.

Laboratuvar işlemleri için uygun örnekler baş, boyun ve dildeki eksudatlar, aspiratlar ve doku örnekleridir. Granüller içeren açılmamış irinli lezyon veya dokulardan alınan örneklerden yararlanılabilir.

Şüpheli eksudatlar birkaç mm çapında sarımsı partiküller (sülfür granülleri) açısından muayene edilir. Granüller tuzlu suda yıkanır ve bir damla tuzlu su içerisinde lam üzerine yerleştirilir. Yavaşça bir lamel üzerine bastırılır ve ışık altında preparat incelenir. Ezilmiş granüller, eksudatlar ve dokular Gram ve Kinyoun yöntemleri ile boyanır. Gram boyalı preparatlarda Aktinomiçesler için tipik olan morfolojik şekiller görülebilir (Şekil 6.2). Hayvanlardan izolasyon için anaerobik inkubasyon gerekli değildir, ancak CO2 üremelerini olumlu etkiler. Bunun için, %5-10 CO2 içeren atmosfer tercih edilir. Örnekler kanlı agar ve MacConkey agara ekilerek 37°C’de 5 gün bekletilir. A. bovis kanlı agarda, beyin kalp infüzyon agarda ve tiyoglikolat buyyonda iyi ürer. İdentifikasyonda, koloni karakterleri, boyalı preparatlardaki morfoloji, kanlı agarda hemolizin varlığı veya yokluğu, MacConkey agarda üremenin olmayışı, Sabouraud dextrose agarda subkültür edildiğinde üremenin varlığı veya yokluğu Loeffler serum besiyerinde üreme, üreaz üretimi, hücre duvarı analizi ve diğer biyokimyasal testler önem taşır.

Arkanobakteriler, aktinomisetler içinde yer alan bakteri gruplarındandır. Bu grubun en önemli üyesi olan Arcanobacterium pyogenes son yıllarda iki isim değişikliğine uğramıştır. Uzun yıllar Corynebacterium pyogenes olarak bilinen bu bakteri, Arkanobakteri olarak adlandırılmadan önce Actinomyces pyogenes olarak da isimlendirilmiştir. Arcanobacterium pyogenes, Gram pozitif, 0.2-0.3 x 0.5-2 µm boyutlarında küçük ince çomakcık veya kokoid formda, tek, çift veya kümeler halinde  X, Y ve V harfleri benzeri şekiller oluşturan, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz bir bakteridir. İdentifikasyonda, koloni morfolojisi ve Loeffler Serum besiyerindeki proteolitik aktiviteden yararlanılır. Arcanobacterium pyogenes 24 saatlik aerobik inkubasyondan sonra zayıf ve belirsiz bir hemoliz oluşturur. Ancak, 48 saat sonra iğne ucu şeklinde beta hemolitik koloniler görülür. Koloniler eskidikçe opak ve kuru hale gelir. Bu bakteriler serumlu buyyonun dibinde granüler tarzda ürer ve buyyonu bulandırmazlar. Bazı karbonhidratları gaz oluşturmadan parçalarlar.

Arcanobacterium pyogenes sığır, koyun, domuz gibi birçok hayvanın derilerinde, üst solunum yolu ve üriner sistem mukozasında normal olarak bulunur. İrinli infeksiyonlara yol açar. Bulaşma genellikle mukozalardaki yaralardan olur.

A. pyogenes’in laboratuvar tanısı Aktinomiçes’lere benzer ancak üretilmesi daha kolaydır. Gram boyama ile mor renkli boyanır (Şekil 6.3). Kanlı agarda 37°C’de 3-4 gün içerisinde beta hemolitik koloniler meydana getirir. Serolojik testlerin tanıda bir değeri yoktur.

Nokardialar aktinomisetler içinde yer alan bakteri gruplarındandır. Çoğunlukla toprakta ve çürümekte olan bitkilerde saprofitik olarak bulunurlar. Bu cinste Nocardia asteroides evcil hayvanlardaki en önemli patojendir. Günümüzde, N. asteroides, N. farcinia ve insan patojeni olan N. nova’yı da kapsayan 12 Nokardia türü tanımlanmıştır. Nokardialar Gram pozitif, hareketsiz, sporsuz, aerobik, genellikle branşlı ve aerial hifa oluşturan çomaklar şeklinde bakterilerdir. Gram ile boyanmış nokardia, aktinomiçesden ayırt edilemeyebilir. Nokardialar dinlenme fazında kokobasiller, aktif üreme fazında filamentöz şekilde görülür. İnfekte doku eksudatlarından yapılan preparatlarda çomak ve kokları içeren uzun, silindirik branşlı flamentler şeklinde görünürler. Kültüre edildiklerinde bu organizmalar spor oluşturabilen aerial flamentler halindedir. Hücre duvarı komponentleri, özellikle de mikolik asit, nokardiaları kısmen aside dirençli duruma getirir. N. asteroides, N. brasiliensis ve N. otitidiscavarium değişik derecelerde aside dirençlilik gösterir
Patojenik nokardialar geniş bir ısı aralığında (10-50°C), basit besiyerlerinde (Sabouraud dextrose agar gibi) üreyen zorunlu aeroblardır. Birkaç gün içerisinde ortaya çıkan koloniler mat renkte ve pigmentlidir. Koloni çapları birkaç cm’ye ulaşabilir. Buyyonda bir yüzey pelikülü veya sediment oluşur ancak çok az bulanıklık gösterir. Biyokimyasal aktiviteleri, katalaz üretimi, değişik karbonhidratların asidifikasyonu ve genellikle üre hidrolizidir. N. asteroides 60°C’de, N. otitidiscavarium 50°C de birkaç saat süreyle canlı kalır. N. brasiliensis daha az dirençlidir. Hepsi klorlu dezenfektanlara ve benzalkonyum kloride duyarlıdır.

Patojenik Nokardia’lar tüm dünyada görülür. Bu mikroorganizmalar yerli flora veya kontaminant olarak birçok iklimde toprakta ve suda bulunan saprofitlerdir. Muhtemelen bütün hayvanlar bu infeksiyona duyarlıdır. Köpekler en sık etkilenenlerdir. Süt sığırlarında nokardial mastit ekonomik açıdan önemlidir. Nokardiozis insanlarda kedilerde, atlarda, keçilerde, koyunlarda, domuzlarda, insan dışı primatlarda, yabani ruminantlarda, karnivorlarda, deniz memelilerinde, kuşlarda ve balıklarda görülür. İnfeksiyon, solunum, deri ve diş yaraları veya sindirim yolu ile bulaşır. Sığırlarda mastitis kullanılan ekipmanla ve personel aracılığı ile bulaşır ve yayılır. Toz toprak ve bitkiler mikroorganizmayı taşır.

Laboratuvar muayenesi için uygun örnekler eksudatlar, aspiratlar, süt ve granülomlardan alınan dokulardır. N. brasiliensis ve N. otitidiscaviarum infeksiyonlarında granüller görülür. Ancak, bunlar N. asteroides infeksiyonlarında nadirdir.

İrin ve eksudatlardan hazırlanan preparatlar Gram ve modifiye Ziehl-Neelsen yöntemleri ile boyanır. Gram ile boyanmış yaymalarda çomaklı veya çomaksız olarak Gram pozitif branşlı flamentler görülür. N. asteroides modifiye Ziehl-Neelsen negatif olan aktinomiçes türlerinin aksine pozitiftir. Patojenik nokardialar genellikle aside dirençlidir. Ancak, bazı suşlar dirençli değildir. Doku örneklerinden yapılan histopatolojik muayene, nokardial flament kümelerini ortaya koyabilir. Organizma kanlı agarda veya charcoal yeast ekstrat gibi besiyerlerinde üretilebilir. Besiyeri 10 gün 37°C’de aerobik olarak inkübe edilir. Kanlı agardaki koloniler genellikle, 5 günlük inkübasyondan sonra görünür bir hale gelir. Bunlar beyaz pudramsı görünümde ve agara sıkı şekilde yapışıktır. Kolonilerin hemolitik özelliği değişkendir. Sabouraud dextrose agardaki subkültürlerde 5 günlük inkübasyondan sonra kuru buruşuk portakal renkli koloniler oluşur. Kolonilerden yapılan preparatlarda Gram boyamada çomak ve kokların baskın olduğu bazı flamentöz şekiller görülür. Nokardialar nitratı indirger ve katalaz pozitiftir. N. asteroides laboratuvar ortamını kontamine edebilen Streptomyces türlerinden ayırt edilmelidir. Streptomyces türlerini N. asteroides’ten ayıran özellikler güçlü topraksı koku, MZN negatif filamentler ve SDA’daki tozlu beyaz görünümlü kolonilerdir. Katalaz testleri pozitiftir.