III. kişi iyelik ekleri düz ünlülüdür. Genel Türkçede III. kişi iyelik ekleri ile hâl ekleri arasında bulunan zamir n’si, Çağatay Türkçesinde genellikle kullanılmaz. Bu durum Çağatay Türkçesinin en karakteristik özelliklerinden biridir.

Çağatay Türkçesinde dokuz hâl çekimi vardır: yalın hâl, ilgi hâli, yükleme hâli, yönelme hâli, bulunma hâli, ayrılma hâli, eşitlik hâli, vasıta hâli, yön hâli, aitlik.

Çağatay Türkçesinde yönelme hâli yaygın olarak +GA / +KA ekiyle yapılır. Bu ek ünlü ve ünsüz uyumlarına uyma bakımından düzensizlik gösterir. Özellikle ince ünlü ile sonlanan yabancı kaynaklı sözlere eklendiğinde kalınlık incelik uyumuna aykırı kullanılışlar görülmektedir. +A eki de Çağatayca metinlerde işlek olmamakla birlikte kullanılmaktadır. Zamirlerin yönelme hâli çekiminde de +GA eki kullanılmaktadır. Bu ek, n sesi ile sonlanan teklik kişi zamirlerine ulandığında genizsileşmeye uğramakta ve genizsileşen bu ünsüz zamirlerin ünlülerinde kalınlaşmaya neden olmaktadır.

Çağatay Türkçesinde +DA ekiyle yapılır ve ek, ünsüz uyumuna uyar.

Çağatay Türkçesinde ayrılma hâli eki +DIn şeklindedir. Ek ünlüsü düz dar olduğundan düzlük-yuvarlaklık uyumuna bağlı değildir. Ayrıca ünsüz uyumu bakımından da düzensizlik gösterir.

Yön eki Çağatay Türkçesindeki +GArI ve +rA şekilleriyle kullanılmıştır.

Üç farklı ekle yapılmaktadır. Bunlar –mIş, -p turur / -pDUr / -p ve -GAn / -GAndUr / -GAn turur ekleridir.

Çağatay Türkçesinde kullanılan şimdiki zaman ekleri -AdUr / -ydUr; -A / -y şeklindedir.

Çağatay Türkçesinde yaygın olarak kullanılan gelecek zaman eki -GAy; -GA şeklindedir.

Çağatay Türkçesinde geniş zamanı ifade etmek için ünsüzle biten fiillere -Ur ve -Ar; ünlü ile biten fiillere -r eki ulanır. Geniş zamanın olumsuzu için Eski Türkçeden beri kullanılan -mAz eki Çağatay Türkçesinde ötümsüzleşme sebebiyle -mAs şeklinde yaygınlaşmıştır.

Çağatay Türkçesinde kullanılan II. kişi emir kipi ekleri Ø; -GIl; -GIn şeklindedir.

Gereklilik ifadesi için Çağatay Türkçesi metinlerinde -sA + kerek yapısı kullanılır.

Çağatay Türkçesinde fiillerin hareket isimlerinin ifadesi için -mAK ve -Iş ekleri kullanılmıştır. Özellikle -mAK eki yaygın bir kullanım alanına sahiptir ve bu ekin +lIK ekiyle genişlemiş şekli -mAKlIK eki aynı görevde kullanılmıştır.

Çağatay Türkçesinde kullanılan sıfat fiil ekleri -Ar / -Ur / -r; -GAn; -GU şeklindedir.

Çağatay Türkçesinde kullanılan zarf fiil ekleri –A; -yU /-y; -ArdA / -UrdA / -rdA; -ArgA / -UrgA / -rgA; -Gaç; -GalI; -GançA; -GandA; -GInçA/-GunçA; -GU; -(I)p/-(U)p; -(I)bAn / -(U)bAn şeklindedir. -mAy; -mAyIn ekleri ise olumsuz ifadesi taşır.

“cihan ehliniñ şahı ol boldı ol” ifadesindeki -niñ eki ilgi ekidir.

Çağatay Türkçesinde hikâye birleşik çekimi, zaman veya kip eki almış asıl fiilden sonra ir- / i- yardımcı fiiline görülen geçmiş zaman ekinin getirilmesiyle yapılır.

burun: isim, +gı: aitlik eki, +nı: yükleme hâli eki

koy: isim, +çı: isimden isim yapma eki, +ga: yönelme hâli eki

Dönem şair ve yazarlarının İran edebiyatından etkilenmiş olmaları dolayısıyla edebî ürünlerde Arapça ve Farsça unsurlar artmıştır. Ali Şir Nevâyî’den itibaren tam anlamıyla bir edebî dil hâline gelen Çağatay Türkçesinde Arapça ve Farsça unsurların yanında Mo¬ğolca alıntıların da arttığı görülmektedir.