Deniz yolu taşımacılığının olumsuz yönleri şunlardır:

• İşletme dış kaynak kullanımını tercih etmiyorsa tanker, Roll on Roll off (RO-RO), koster gibi gemilerin oldukça yüksek ilk yatırım maliyetlerine ve uzun amortisman sürelerine katlanmak durumunda kalmaktadır.

• Liman, vinç gibi yüksek maliyetli tesislere ihtiyaç duyar. Bu maliyetler göze alınsa dahi
liman kurulmasına müsait olmayan kıyılar bulunmaktadır.

• Kıtalar arası taşımada güvenlik zafiyeti söz konusu olabilmektedir.

• Doğal olaylar da gemilerin beklenen varış zamanlarını olumsuz yönde etkileyebilmektedir.