1999’da yürürlüğe giren Amsterdam Antlaşması ile insan hakları, demokrasi, temel
özgürlükler ve hukukun üstünlüğü ilkelerine verilen önem vurgulanmıştır. Ayrıca temel
hakların korunması hususunda İHAS devre dışı bırakılarak topluluğa özgü bir koruma
mekanizması oluşturulmuştur. Amsterdam Antlaşması ile temel haklar alanında getirilen
en önemli yenilik, Antlaşmanın 46. maddesi’ne eklenen bir hükümle ATAD’ın birlik kurumlarının yaptıkları eylem ve düzenlemelerde temel haklara uygunluğunu denetlemekle yetkili kılınmasıdır. Ancak bu yetki ATAD’ın yetkili olduğu durumlar için geçerlidir.