Protein enerji yetersizliğinin (malnutrisyonunun) nedenleri birincil ve ikincil nedenler olarak iki başlıkta toplanabilir.

Birincil Nedenler

a) Beslenme hataları (bilgisizlik)

b) Kusma ve ishaller (hastalıklar)

c) Tekrarlayan enfeksiyonlar (atefşi hastalıklar) ve ishaller

d) Sosyo-ekonomik durum ( fakirlik)

İkincil Nedenler

a) Erken doğum ve düşük doğum ağırlığı

b) Doğum travması, zekâ geriliği

c) Sindirim sistemi hastalıkları

d) Besinlerin emilim bozuklukları

e) Sistemik hastalıklar (kalp, böbrek, karaciğer yetmezliği vb.)

f) Onkolojik hastalıklar (kanser vb.)