Araştırma verilerine göre, besin kaynaklı enfeksiyonlara besinlerde bulunan patojen mikroorganizmalar neden olmakta olup genelde enfektif derişim/miktar düşüktür. Bu mikroorganizmalar için besin bir araçtır, besinlerde genelde çoğalma olmaz ve daha çok bağırsakta çoğalırlar. Mikroorganizmaya bağlı olarak genelde inkübasyon süresi uzundur. Daha önce de belirtildiği üzere mikroorganizmalar epitel hücrelere saldıran ve zarar veren zehirleri ortama salgılarlar. Kontamine besinlerin tüketilmesinden hemen birkaç saat veya birkaç gün içinde karın ağrısı ve ishal meydana gelir.