Proteinler vücuda alındıktan sonra, kimyasal yapılarına göre değişmekle birlikte, genellikle yüzde doksana yakın oranda sindirilirler. Pişirme, sindirimi kolaylaştırabilmekle birlikte genellikle hayvansal proteinler, bitkisel proteinlere göre daha kolay sindirilirler. Aminoasitlerden yola çıkılarak üretilen proteinler işlevlerini tamamladıktan sonra yıkılarak tekrar yapıtaşlarına dönüşürler. Açığa çıkan aminoasitler ya üre olarak vücuttan atılırlar veya tekrar protein üretiminde kullanılırlar.