Melikşah Birinci Türkistan seferi dönüşünde, merkeziyetçiliği gözetmek kaydıyla, kardeşlerini bazı vilayetlere tayin etti. Nitekim devletin nispeten uzak bölgelerinde kurulan siyasî teşekkülleri de aynı gerekçe ile denetim altında tutma mücadelesi vermiştir. Öyle ki, Anadolu’da bağımsız olarak kurulan Türkiye Selçuklularına karşı, ortadan kaldırma pahasına bir mücadele yürütmüştü. Hükümranlığın paylaşılması konusunda, hayale bile izin vermeyen Melikşah’ın, halifeye karşı tavizsiz tutumunun sebebi de budur. Batıdaki olayları daha yakından takip etmek için başkentini İsfahan’a taşıyan Melikşah, Türkistan seferi sonunda ilhak ettiği Maveraünnehir’i, kendine has problemleri dolayısıyla eski hükümdarına iade etti. Doğu ve Batı Karahanlı hükümdarlarını para ve hutbede önce kendi adını zikretmek şartıyla kendisine tâbi kıldı.