Nizamiye Medreseleri ise her şeyden önce vakıf kuruluşları idi. Yani müstakil bütçeleri, gelir kaynakları vardı; idarî ve eğitim personeline maaş veya aynî gelir ödenmekteydi. Öğrencilere ise yatıp kalkacakları odalar verilmekte, beslenme ihtiyaçları karşılanmakta, ayrıca burs da tahsis edilmekteydi.