Nişabur, Bağdat, Isfahan, Herat, Belh, Merv, Hargird, Basra, Musul gibi Irak ve Horasan’ın hemen hemen her şehrinde inşa edilen Nizamiye Medreseleri her şeyden önce vakıf kuruluşları idi. Yani müstakil bütçeleri, gelir kaynakları vardı; idarî ve eğitim personeline maaş veya aynî gelir ödenmekteydi. Öğrencilere ise yatıp kalkacakları odalar verilmekte, beslenme ihtiyaçları karşılanmakta, ayrıca burs da tahsis edilmekteydi. Bu yenilikler tabiatiyle eğitimi cazip hale getirmekte ve en önemlisi fakir öğrencilere imkân ve fırsat eşitliği sağlamaktaydı.