Ancak Nizamiye medreselerinde verilen eğitimin Şafiî fıkhı ve Eş’arî kelâmı ile sınırlandırılarak diğer mezhepleri gerilettiği, felsefe dersleri okutulmayarak İslam düşüncesinin gelişmesine engel olduğu, hatta para karşılığı öğretilen ilmin itibarını düşürdüğü gibi iddialar da ileri sürülmektedir.