Şüphe etmek bir belirsizlik durumudur. Belirsizlik, belli durumda hangi davranışı sergileyeceğinizi tam olarak bilememeniz anlamına gelir. Bu nedenle, şüpheden kurtulmaya çalışırız. Peirce şüpheden kurtulma ve inancın tatmin edici rahatlığına ulaşma sürecini soruşturma olarak adlandırır. Bizi şüpheden arındırıp inançlarımızı sabit kılma konusunda uzun vadede güvenebileceğimiz tek yöntem, bilimsel soruşturma yöntemidir. Peirce soruşturmanın üç özsel özelliğinden söz eder: bir uyaran; bir amaç ya da sonuç; bir de yöntem. Soruşturmanın uyaranı şüphe; amacı kanaatlerin bir karara bağlanması yöntemi ise bilimin ta kendisidir.