Doğu Avrupa’daki Türk kökenli bir başka özerk oluşum da Moldova’ya bağlı Gagavuzya Özerk Bölgesi’dir. Sovyetler Birliği’nin parçalanmasıyla Gagavuzlar, Moldova’dan ayrılarak Gagavuzya Cumhuriyeti’ni oluşturduklarını ilân etmiş, seçimler gerçekleştirerek kendi parlamentolarını kurmuşlardır. Moldova yönetimi, Gagavuzya Cumhuriyeti’ni tanımamış ve taraflar arasında anlaşma ancak 1994’te sağlanabilmiş ve Moldova bu tarihte bölgeye özerklik statüsü vermiştir. Gagavuzlar, Rusya Federasyonu ve Ukrayna’daki özerk Türk cumhuriyetlerinden farklı olarak Sovyetler Birliği’nin yıkılışından sonra Latin alfabesine geçmişlerdir. Romen Dili ve Edebiyatı dersinin Gagavuzya Özerk Bölgesi’nde okutulmasına karşı çıkmaktadırlar. Ayrıca, Rusya, Beyaz Rusya ve Kazakistan’ın üye olduğu Gümrük Birliği’ne üye olmak istemektedirler. Moskova bu soruna (en azından açıkça) pek müdahale etmemektedir. Bununla birlikte Gagavuzların bağımsızlık mücadelesinde en fazla güvendikleri ülke şüphesiz Rusya Federasyonu’dur. Gagavuzlar, bağımsızlık taleplerinin yanı sıra Moldova’nın Rusçayı Gagavuzya Özerk Bölgesi’nde resmî dil statüsünden çıkartmasından ve Moldova’nın Romanya ile yakın iş birliği geliştirmesinden (uzun vadede iki ülkenin birleşmesinden bahsedilmekte) rahatsız olmaktadır ki, bu hususlar Rusya Federasyonu ile Moldova’yı da karşı karşıya getirmektedir. Dolayısıyla önümüzdeki 1995’te Gagavuzya Bölgesi’nin bayrak ve arması kabul edilmiştir. Bayrak, mavi, beyaz ve kırmızı olmak üzere üç renkli şeritten oluşmaktadır ki, mavi şeridin üzerine sarı renkte üç yıldız resmedilmiştir. Mavi renk, tarih (Göktürklerin rengi) ve vatan sevgisini, umut ve iyiliği simgelerken, beyaz renk, eski Türklerde dünyanın batı yönünü ifade etmektedir. Kırmızı renk ise bağımsızlıkla hürriyeti simgelemektedir. Bu süreçte Moskova’nın Moldova’ya karşı Gagavuzya’yı daha fazla desteklemesi ihtimal dâhilindedir.