Uygurlar, 15. – 20. yüzyıllar arasında islamiyetle birlikte Arap alfabesi kullanmışlardır. 1955’te on yıllık bir süreyle Kiril alfabesi; 1965’te ise Uygur-Latin alfabesi kullanılmıştır. Uygur Türkleri, yüzyıllardır kullandıkları Arap alfabesinden vazgeçmemişler; Arap alfabesi üzerinde bazı değişiklikler yapmak suretiyle 1983’te Arap esaslı Uygur alfabesini kabul etmişlerdir. Bugün Doğu Türkistan/Şincan Uygur Özerk Bölgesi’nde Yeni Uygurcanın fonetik özelliğine göre geliştirilen Arap harfli esaslı Uygur-Arap alfabesi; Kazakistan’da ise Kiril esaslı Uygur-Kiril alfabesi kullanılmaktadır.