XX. yüzyılın ilk çeyreğine kadar Arap alfabesini kullanan Uygur Türkleri, bu tarihten sonra siyasi nedenlerden dolayı farklı alfabeler kullanmışlardır. 1925-1930 yılları arasında değiştirilmiş Arap alfabesini kullanan eski Sovyetler Birliğinde yaşayan Uygur Türkleri 1930-1947 yılları arasında Latin alfabesini kullanmışlardır. 1947 yılından sonra ise Kiril alfabesini kullanmaya başlamışlardır. Doğu Türkistan’da yaşayan Uygur Türkleri ise 1970’li yıllara kadar Arap alfabesini kullanmışlardır. 1954-1978 yılları arasında kısmi bir Latin alfabesi kullanılmışsa da, bu uygulama 1978’de kaldırılmıştır. Doğu Türkistan’da bugün bazı ilaveler yapılan ve fonetik ayrıntılara inilmiş Arap alfabesi kullanılmaktadır.